Selain mitos di atas, Makam Raja-raja Imogiri juga memiliki fakta yang mungkin tidak banyak diketahui oleh masyarakat umum. Di Kompleks Makam Raja-raja Imogiri terdapat tempat yang menjadi penguburan seorang tokoh yang dianggap sebagai pengkhianat Mataram yaitu Tumenggung Endranata. Disebutkan dalam buku yang berjudul The Concept of Power in Javanese Culture (1986) karangan G. Moedjanto bahwa Tumenggung Endranata merupakan Bupati Demak yang sempat menjadi salah satu panglima perang Sultan Agung.
Tumenggung Endranata berkhianat dengan berpihak pada VOC sehingga ketika penyerbuan Mataram untuk mengusir VOC dari Jawa tahun 1629 pun berakhir gagal. Penghianatan tersebut telak membuat Sultan Agung murka. Tumenggung Endranata kemudian diadili dan dijatuhi hukuman mati dengan tubuhnya yang dipenggal menjadi tiga bagian. Bagian kepala dikubur pada bawah Gapura Sapit Urang sedangkan badannya dikubur beberapa meter dari bawah Gupura Sapit Urang, dan terakhir kedua kakinya dikubur di sekitar kolam yang tak jauh dari tangga batu andesit. Pemilihan anak tangga sebagai lokasi penguburan Tumenggung Endranata adalah supaya jasadnya diinjak-injak oleh para peziarah yang menaiki tangga tersebut.
Makam Raja-raja Imogiri menjadi saksi bisu kejayaan dan pasang surut Mataram. Karena meskipun kerajaan ini sempat terpecah, namun Raja-raja tersebut tetap berpulang pada satu tempat terakhir yang sama. Keangungan nama Raja Mataram yang terpahat abadi di puncak Imogiri dan kita sebagai generasi pewaris sudah sepatutnya paham mengenai sejarah yang ada di sekitar.
