Mereka tinggal di sebuah rumah tua milik Pak Lurah yang diperankan oleh Mathias Muchus. Ternyata rumah itu menyimpan rahasia masa lalu yang kelam. Di setiap pintunya digantung jimat pelindung. Rahayu yang tidak mengerti maksud dari jimat tersebut, dengan asal melenyapkannya dengan cara dibakar.
Rahayu harus bertahan hidup dengan fase kehidupan yang baru baginya. Bercerai dengan suaminya sama dengan bertahan hidup sendirian dan mencukupi sembua kebutuhan anak-anaknya.Â
Di lain sisi, Aan, anaknya yang paling bungsu memang membutuhkan perhatian lebih. Mengingat Aan adalah anak berkebutuhan khusus. Tentu pola asuhnya pun tak bisa disamakan seperti kepada anak normal lainnya.
Kesibukan Rahayu dalam mencari uang untuk memenuhi kebutuhan serhari-hari, membuat Aan kurang perhatian. Tak jarang, Aan selalu mendapat masalah karena selalu mengganggu pekerjaan ibunya.Â
Sebagai kakak sekaligus anak paling besar, Anisa berusaha sabar menanggapi situasi yang ada. Ia pun berusaha untuk meladeni adiknya setiap hari.
Suatu hari, Aan berbincang dengan Irma yang diperankan oleh Shareefa Daanish. Irma adalah perempuan yang ada di desa tersebut, tetapi mengalami gangguan jiwa karena sewaktu kecil pernah diculik oleh wewe gombel. Anehnya, Irma memberikan jimat untuk Aan. Anisa yang mengetahui itu langsung menepisnya dan membuang jimat tersebut.Â
Sampai akhirnya, sebuah kejadian membuat Aan menghilang saat maghrib. Anisa begitu panik karena secara tiba-tiba adiknya menghilang begitu saja. Apalagi Aan adalah anak berkebutuhan khusus. Tak seharusnya ia pergi ke luar seorang diri. Anisa meminta bantuan Tama yang diperankan oleh Reza Hilman. Tama adalah anak dari Pak Lurah.
Sudah beberapa bulan, tetapi Aan tak kunjung ditemukan. Hilang begitu saja seperti ditelan bumi. Anisa menduga bahwa Marni yang menculik adiknya. Marni adalah perempuan muda yang baru kembali ke kampung itu karena sudah bertahun-tahun merantau ke kota. Sosok Marni diperankan oleh Ismi Melinda.Â
Akhirnya Aan ditemukan. Namun Aan begitu aneh setelah ditemukan. Ia menjadi lebih pendiam. Tak seperti dahulu yang terlihat lebih ceria. Rahayu khawatir dengan kondisi tersebut. Ia juga menjadi khawatir akan keselamatan kedua anaknya. Mungkin memang benar bahwa Aan diculik oleh wewe gombel.
Film Marni: The Story of Wewe Gombel, bukanlah film wewe gombel biasa. Ya, wewe gombel akan menculik anak kecil yang diterlantarkan oleh orangtuanya. Seperti Rahayu yang kurang perhatian kepada anak berkebutuhan khususnya. Bahkan tak jarang Rahayu bersikap kasar kepada Aan.
