Dalam berbagai channel YouTube yang mengundang Habib Ja'far, beliau kerap menceritakan nilai-nilai toleransi yang sudah bertumbuh sejak kecil. Mencontohkan sikap toleransi dengan cerita yang ia alami dan praktikkan sendiri.
Sejak kecil, Ayahnya selalu memberikan contoh dan gambaran dalam menujukkan sikap toleransi. Dengan menghormati dan mengharagi perbedaan yang ada.
Misalnya saja, ketika Hari Natal, sang Ayah memintnya untuk mengantarkan bingkisan natal sebagai ucapan selamat Natal kepada pendeta di Gereja dekat lingkungan tempat tinggal mereka. Sebagai bentuk penghormatan dan berbagi kebaikan pada umat beragama yang sedang merayakan hari besarnya.
Nilai-nilai toleransi itulah yang sampai saat ini terus disiarkan oleh Habib Ja'far. Terlihat dari pertemanannya yang tak pernah membatasi dengan siapapun juga. Habib Ja'far berbincang, berdiskusi, bahkan berteman baik dengan tokoh agama lainnya. Sampai yang tidak percaya kepada wujud Tuhan pun tak langsung ia judge atau hindari.
Habib Ja'far sering berpesan bahwa kita boleh berbeda dalam kebenaran yang kita percaya. Namun, kita harus sama-sama dalam kebaikan dan kemanusian.
Misalnya saja pertemanan antara Habib Ja'Far dan para Pendeta. Habib Ja'far menceritakan bahwa teman-teman Pendeta selalu memberikan hewan kurban kepadanya untuk Hari Raya Idul Adha. Begitupula sebaliknya. Habib Ja'far memberikan hampers natal kepada teman-temen Pendetanya.
Betapa indahnya sudut pandang dan perilaku yang dicerminkan oleh Habib Ja'far. Ternyata selama ini kita banyak mengurung diri akan perbedaan. Padahal perbedaan akan begitu indah ketika kita maknai dengan rasa tolong menolong.
Pendengar setia dakwah Habib Ja'far, pasti mengetahui bahwa kini Habib Ja'far kerap tampil di berbagai acara televisi. Relasinya di kalangan publik figure semakin meluas. Membuat dirinya dikenal dan akrba dengan berbagai artist yang berbeda latar belakang. Mulai dari komedian, musisi, host, dan para pekerja seni lainnya.
