Makam utama wali Nyato' dikelilingi oleh pagar yang terbuat dari berbagai jenis kayu, seperti kayu timus, kayu kunyit, kayu tanjung gunung dan kayu ipil yang rata-rata panjangnya antara 1,50 meter sampai 2 meter. Sementara ujung dari pagar kayu tersebut ada yang dibuat runcing adapula yang tidak.
Makam utama di komplek Makam Nyatok ini selain dikelilingi oleh pagar kayu juga di kelilingi oleh pagar kawat di dalamnya sebagai pembatas. Peziarah hanya bisa memasuki makam inti hingga pembatas tersebut, yang diperbolehkan masuk melewati pagar pembatas hanyalah kerabat atau orang kepercayaan Wali Nyatok sendiri.
Sebelum memasuki makam beliau terdapat beberapa adab (ritual) yang harus diperhatikan yaitu:
1. Memakai pakaian sopan sesuai anjuran agama Islam
2. Berwudhu
3. Melepas alas kaki sebelum memasuki area makam. Masyarakat setempat memandang makam adalah tempat yang suci seperti masjid, oleh karena itu harus diperlakukan sama seperti masjid
4. Menundukkan kepala saat memasuki pintu makam
5. Tidak boleh melakukan keributan saat berdoa.
6. Melempar uang ke dalam makam (bagi peziarah yang mau), tidak ada tujuan apa apa melainkan bentuk sedekah kepada pengelola makam agar kelestarian makam tetap terjaga.
7. Membasuh muka di depan makam dengan air setelah melakukan ritual sebelumnya.
Sementara beberapa peninggalan bersejarah yang ditinggalkan oleh Wali Nyato' yaitu:
