Dalam penerapannya, Otsus hingga kini belum berjalan secara optimal. Berbagai kendala menghinggapi perjalanannya, distrubusi kewenangan dan aliran dana yang tidak jelas, inkonsistensi pemerintah pusat dan pemerintah daerah, hingga kongkalikong dan konflik kepentingan dan kekuasaan merajalela di antara elit lokal, membuat lahirnya mosi ketidak-percayaan rakyat Papua.
Sementara itu, belum efektif dalam meningkatkan kesejahteraan rakyat Papua yang sebagian besar masih saja tetap fakir miskin dan banyak yang kelaparan, serta dana otonomi khusus seakan belum menyentuh pelosok masyarakat kecil.
Sejatinya Otsus diharapkan sebagai resolusi dan minimalisir berbagai pelanggaran HAM yang terjadi di seluruh tanah Papua. Terlepas dari segala kekurangan dan kelemahannya. Sangat disayangkan, karena kekuatan hukumnya masih melemah untuk merespon konsistensi atas perlindungan dan penegakan yang tidak terlalu signifikan.
Dengan demikian, kecenderungan penerapan Otsus yang tidak merespon tuntutan masyarakat dalam tata penyelenggaraan pemerintahan dan kehidupan di tanah Papua dari masa sebelumnya yang belum mampu meredam gejolak dan perjalanan panjang ini direkayasa dan kian berlangsung.
Berbagai dampak dari keberlanjutan Otsus jika tidak segera dibenahi, maka dapat berimplikasi pada menurunnya tingkat kepercayaan masyarakat akan kesungguhan pemerintah dalam memenuhi aspirasi rakyat.
