Nampaknya, perlahan tapi merambat dalam memproklamasikan implementasi misi Kerajaan Allah di bumi Papua, yang sebelumnya menjadi tembok pemisah seakan berubah menjadi kompas untuk menunjukkan jalan, tirai-tirai menjadi titik temu dan penyataan dogmatis menjadi pendekatan religio-kultural.
Pekabaran Injil sampai ke berbagai pelosok Papua dalam pewartaannya tetap sama, meskipun zona daerah dan zona budaya yang berbeda. Sesungguhnya hal ini memberi kesan tersendiri, bahwasannya Injil yang sejati itu terserap dan menyesuaikan diri terhadap kebudayaan setempat.
Disisi lain, pelayanan penginjilan di Tanah Papua mengalami stagnasi dan trauma besar akibat perang dunia kedua yang dipimpin oleh Jepang dan sekutu Amerika dibawah pimpinan Jenderal Mac-Arthur (1942-1946) yang merambak sampai menimbulkan pemboman dan pertempuran sengit di beberapa wilayah.
Inilah masa yang kemudian disebut dengan "Masa Ujian dan Percobaan". Tak dapat dipungkiri bahwa penginjilan di Tanah Papua tidak hanya berjalan mulus saja, akan tetapi diperhadapkan dengan berbagai rintangan dan tantangan.
Namun, semangat perjuangan dan perluasan penginjilan tidak pernah pudar untuk menampakkan kuasa Tuhan di atas Tanah Papua. Dilandasi dengan semangat inilah, Pdt. F.J.S. Rumainum menamainya "Masa Pembangunan Kembali dan Persiapan Menuju Gereja yang Berdiri Sendiri".
Semua yang telah lebur akibat perang dunia kedua, kembali meletakan fondasi yang diawali dengan pembentukan struktur organisasi gereja yakni Majelis Jemaat, Klasis dan Resort.
Persiapan menuju Gereja yang mandiri dan berdiri sendiri dimulai sesudah 75 tahun pekerjaan Zending di Papua (1855-1930) yang merupakan tujuan utama pembentukan embrio dari hasil pekerjaan pekabaran Injil.
Pada Tahun 1946 Jemaat-Jemaat dibangun dengan penatalayanan yang diarahkan dan dipimpin menuju suatu gereja yang berdiri sendiri dengan tekanan kepada tanggung jawab yang harus dipikul secara bersama.
Lebih fokus pada pembentukan gereja hingga pada tahun 1951 terjadi reorganisasi UZV ke dalam Zending der Nederlandse Hervormde Kerk (ZNHK) yang berperan penting dalam membentuk jemaat yang ada untuk berdiri sendiri dan pembangunan kembali secara utuh pekerjaan dan organisasi gereja.
Kemudian, untuk melahirkan suatu kekristenan yang dibangun diatas dasar perjumpaan antara Injil dan kebudayaan Papua, dalam dalam kesempatan itu menyorotkan sifat dan nilai budaya yang menjadi kerangka pembangunan teologis dan gereja.
Langkah-langkah menuju gereja yang mandiri terus didorong dan digumuli dalam konferesi-konferensi. Selanjutnya, pada tahun 1954 berlangsung Proto Sinode (Sinode Persediaan) di Serui, yang merangkum pokok-pokok penting demi mewujudkan keesaan gereja.
