Pada tahun 1992, Imelda Marcos mengklaim tanpa bukti bahwa emas Yamashita merupakan bagian terbesar kekayaan suaminya, Ferdinand Marcos.
Pada 25 Mei 1993 Roxas meninggal saat malam persidangan dalam keadaan yang mencurigakan, yang mengarah pada spekulasi bahwa ia telah dibunuh, tetapi sebelum kematiannya ia memberikan kesaksian di pengadilan yang kemudian digunakan sebagai bukti.
Pada tahun 1995, putra tertua Roxas, Jose, mengajukan petisi kepada pengadilan untuk menyerahkan patung kecil itu kepadanya sebagai kenang-kenangan dari hari-hari ayahnya berburu harta karun. Jose juga menyatakan di pengadilan bahwa ayahnya tidak pernah menemukan Buddha Emas.
Hakim Antonio Reyes dari Pengadilan Daerah Baguio telah menyatakan dalam putusannya pada tanggal 30 Mei 1996, bahwa Buddha emas itu hanyalah patung kecil berlapis perunggu. Padahal, patung itu berada dalam tahanan pengadilan di Baguio. "Putusan pengadilan AS menyiratkan bahwa Buddha emas itu memang ada. Saya tidak tahu bagaimana kesimpulan itu diambil", kata hakim tersebut. Patung kecil yang berada dalam tahanan pengadilan itu diserahkan oleh polisi beberapa hari setelah Roxas mengeluh bahwa Buddha Emasnya telah dirampas oleh Marcos. Kerabatnya mengklaim bahwa patung kecil yang dikembalikan kepada keluarganya adalah replika. Masih di tahun yang sama, juri di Honolulu memberikan ganti rugi kompensasi sebesar $22 miliar yang meningkat dengan bunga menjadi lebih dari $40 miliar. Juri tidak memberikan ganti rugi punitif.
Pada tahun 1998, Mahkamah Agung Hawaii memutuskan bahwa ada cukup bukti untuk mendukung temuan juri bahwa Roxas menemukan harta karun tersebut dan Marcos telah mengubahnya. Namun, pengadilan membatalkan putusan ganti rugi, dengan menyatakan bahwa putusan ganti rugi sebesar $22 miliar untuk ruangan penuh emas terlalu spekulatif, karena tidak ada bukti kuantitas atau kualitas, dan memerintahkan sidang ulang hanya mengenai nilai Buddha emas dan 17 batangan emas saja. Setelah beberapa tahun proses hukum, Golden Budha Corporation memperoleh putusan akhir terhadap Imelda Marcos sejauh kepentingannya di harta warisan Marcos sebesar $13.275.848,37 dan harta warisan Roxas memperoleh putusan sebesar $6 juta atas klaim pelanggaran hak asasi manusia. Gugatan ini akhirnya menyimpulkan bahwa Roxas menemukan harta karun, dan meskipun pengadilan negara bagian Hawaii tidak diharuskan untuk menentukan apakah harta karun tertentu ini adalah emas legendaris Yamashita, kesaksian yang diandalkan oleh pengadilan dalam mencapai kesimpulannya mengarah ke arah itu. Roxas diduga mengikuti peta dari putra seorang tentara Jepang, Roxas diduga mengandalkan petunjuk yang diberikan oleh penerjemah Yamashita, dan Roxas diduga menemukan pedang samurai dan kerangka tentara Jepang yang tewas di ruang harta karun. Semua ini menyebabkan Pengadilan Banding Sirkuit Kesembilan Amerika Serikat meringkas tuduhan yang mengarah pada putusan akhir Roxas sebagai berikut : "Harta Karun Yamashita ditemukan oleh Roxas dan dicuri dari Roxas oleh anak buah Marcos".
Pada tanggal 17 November 1998, Mahkamah Agung Hawaii membalikkan putusan $41 miliar terhadap Ferdinand dan Imelda Marcos. Buletin statistik departemen kehakiman mengenai putusan perdata mengklaim bahwa pengadilan tidak menemukan cukup bukti bahwa Roxas benar-benar menemukan emas batangan saat berburu harta karun di utara Manila pada tahun 1971. Namun, keputusan pengadilan yang sebenarnya hanya mengutip bukti yang tidak cukup untuk menetapkan jumlah dan kualitas emas batangan yang ditemukan dan ditinggalkan di ruang beton : "...tidak ada cukup bukti untuk mendukung pemberian ganti rugi untuk emas batangan yang mungkin ada di dalam kotak yang belum dibuka yang diduga ditemukan oleh Roxas, karena catatannya bersifat spekulatif mengenai jumlah dan kemurnian emas...". Lebih jauh, Pengadilan mendukung bagian putusan yang menyatakan bahwa Marcos telah mencuri patung Buddha emas dan 17 batang emas (24 batang yang diambil Roxas dari ruang pengadilan dikurangi tujuh batang yang dijualnya). Terkait klaim ini, Mahkamah Agung Hawaii secara khusus menyatakan sebagai berikut : 1) "Ada cukup bukti untuk mendukung temuan khusus juri bahwa Ferdinand mengubah harta karun yang ditemukan Roxas"; dan 2) "Ada cukup bukti untuk mendukung keputusan juri bahwa Roxas 'menemukan' harta karun tersebut sesuai dengan hukum Filipina". Kasus tersebut dikembalikan ke pengadilan tingkat pertama untuk diadili ulang terkait nilai patung Buddha emas dan batang emas yang diubah.
Pada tanggal 28 Februari 2000, pengadilan tingkat pertama mengadakan sidang untuk menentukan nilai Buddha emas dan 17 batangan emas. Saat ini, Felix Dacanay, sebagai wakil pribadi dari harta warisan Roxas, telah mengajukan putusan terhadap Imelda Marcos dalam kapasitas pribadinya sejauh kepentingannya di Harta Warisan Ferdinand E. Marcos dalam jumlah pokok sebesar $6 juta untuk klaim hak asasi manusia terkait penangkapan dan penyiksaan Roxas, dan Golden Budha Corp. telah mengajukan putusan terhadap Imelda Marcos dalam kapasitas pribadinya sejauh kepentingannya di harta warisan Marcos dalam jumlah pokok sebesar $13.275.848,37 atas klaim harta karun yang dikonversi.
Putusan tersebut diperintahkan ditegaskan oleh Mahkamah Agung Hawaii pada tanggal 25 November 2005.
Dalam proses hukum terkait pada tahun 2006, Pengadilan Banding Sirkuit Kesembilan Amerika Serikat ketika menjelaskan temuan litigasi Roxas v. Marcos menyatakan : "Harta Karun Yamashita ditemukan oleh Roxas dan dicuri dari Roxas oleh anak buah Marcos". Roxas menyerahkan klaim atas harta karun itu kepada sekelompok investor Amerika, yang mengajukan gugatan di Hawaii. Juri memberikan ganti rugi sebesar $22 miliar kepada perusahaan Amerika yang mengklaim mendiang Presiden Filipina Ferdinand E. Marcos mencuri patung Buddha emas yang penuh dengan permata dari seorang pemburu harta karun. "Sejauh yang saya ketahui, ini mungkin merupakan putusan terbesar dalam sejarah yurisprudensi di dunia", kata Daniel Cathcart, pengacara Golden Buddha Corp. yang berkantor pusat di Atlanta. Namun, seorang pengacara keluarga Marcos menolak putusan tersebut, yang diputuskan oleh juri negara bagian dalam waktu kurang dari lima jam musyawarah. "Itu tidak dapat ditagih. Itu uang Monopoli", kata pengacara James Paul Linn. "Semua yang ada di harta warisan Marcos diikat oleh pemerintah Filipina... Tidak ada uang di sana".
Di antara mereka yang berpendapat tentang keberadaan emas Yamashita adalah Sterling Seagrave dan istrinya Peggy Seagrave, yang menulis dua buku yang terkait dengan subjek tersebut : The Yamato Dynasty: The Secret History of Japan's Imperial Family (2000) dan Gold Warriors: America's Secret Recovery of Yamashita's Gold (2003). Keluarga Seagrave berpendapat bahwa penjarahan, termasuk lebih dari 6.000 ton emas, diorganisir dalam skala besar, oleh gangster yakuza seperti Yoshio Kodama, dan tingkat tertinggi masyarakat Jepang, termasuk Kaisar Hirohito. Pemerintah Jepang bermaksud bahwa penjarahan dari Asia Tenggara akan membiayai upaya perang Jepang. Keluarga Seagrave menuduh bahwa Hirohito menunjuk saudaranya, Pangeran Yasuhito Chichibu, untuk memimpin organisasi rahasia bernama Kin no Yuri (Bunga Lili Emas), berdasarkan puisi yang ditulis oleh Kaisar Hirohito. Diduga banyak orang yang mengetahui lokasi penjarahan tersebut terbunuh selama perang, atau kemudian diadili oleh Sekutu atas kejahatan perang dan dieksekusi atau dipenjara. Menurut Seagraves, banyak kubah Golden Lily ditemukan oleh Edward Lansdale dan Severino Garcia Diaz Santa Romana di gua-gua utara Manila, di lembah-lembah tinggi, dan 'M-Fund' yang dinamai menurut Mayor Jenderal William Marquat didirikan dari karya Santa Romana dan Lansdale. Sterling Seagrave menuduh bahwa Santa Romana (Santy) menyiksa sopir Yamashita, Mayor Kojima Kashii untuk mendapatkan lokasi yang mungkin dari barang jarahan tersebut. Seagraves menulis bahwa Lansdale terbang ke Tokyo dan memberi pengarahan kepada MacArthur dan Kepala Intelijennya Charles Willoughby, kemudian terbang ke Amerika Serikat untuk memberi pengarahan kepada Clark Clifford dan kembali dengan Robert Anderson untuk memeriksa beberapa gua di Filipina dengan Douglas MacArthur. Lebih dari 170 terowongan dan gua ditemukan. Ray Cline percaya bahwa Robert Anderson dan Paul Helliwell membuat 176 rekening bank "emas hitam" di 42 negara setelah memindahkan hasil curian tersebut melalui kapal untuk mendukung operasi Amerika Serikat di masa depan. Keluarga Seagraves dan beberapa orang lainnya mengklaim bahwa agen intelijen militer Amerika menemukan banyak harta karun tersebut, mereka berkolusi dengan Hirohito dan tokoh senior Jepang lainnya untuk menyembunyikan keberadaan harta karun tersebut, dan mereka menggunakannya sebagai "Emas Hitam" untuk membiayai operasi intelijen rahasia Amerika di seluruh dunia selama Perang Dingin.
Pada bulan Juni 2018, polisi setempat menangkap 17 orang, termasuk 4 orang Jepang, seorang anak laki-laki berusia 15 tahun, dan 13 orang Filipina, atas penambangan ilegal di Pulau Capones untuk mencari harta karun Yamashita.
