Prasasti Yupa, yang terdapat disini merupakan replika dari Yupa yang asli yang terdapat di Museum Nasional di Jakarta. Prasasti Yupa adalah prasasti yang ditemukan  pada abad ke 4 di bukit Brubus Kecamatan Muara Kaman.Â
Prasasti ini adalah penanda dimulainya zaman sejarah di Indonesia yang merupakan bukti tertulis pertama yang ditemukan berupa aksara Pallawa dalam bahasa Sanskerta sebenarnya prasasti ini ada 7 namun baru 4 yang ditemukan.Â
Selanjutnya ada Seperangkat alat musik Gamelan dari Keraton Yogyakarta arca-arca Hindu, seperangkat Meja Tamu peninggalan Kesultanan Bulungan, kain Ulap Doyo dari Suku Dayak Benuaq.Â
Koleksi senjata dan meriam peninggalan penjajah Belanda, ada juga Kalung Uncal, yang merupakan atribut dan benda kelangkapan kebesaran Kesultanan Kutai Kartanegara yang digunakan pada waktu penobatan Sultan Kutai menjadi Raja atau pada waktu Sultan merayakan ulang tahun kelahiran dan penobatan Sultan serta acara sakral lainnya
Berlanjut lagi ke berbagai ruangan akan melihat juga catatan tentang sejarah Kerajaan Kutai Kartanegara dan juga kisah raja Aji Batara Agung Dewa Sakti (Raja pertama Kutai Kartanegara) dan Puteri Karang Melenu (Permaisuri Raja Kutai Pertama), ada juga Koleksi Numismatika (mata uang dan alat tukar lainnya), Koleksi Keramik dari Cina, Jepang, Vietnam dan Thailand, replika pertambangan batu bara, industri kayu, tanaman khas kalimantan, pesut mahakam, Candi Borobudur, Candi Prambanan, Tenunan Sumatera, Pakaian adat dan senjata tradisional dan lain lain.
Kemudian di Museum Mulawarman, terdapat juga bangunan makam raja-raja kutai mulai dari Sultan Muhammad Muslihuddin (Aji Imbut), Sultan Kutai ke-16 hingga Sultan AM Parikesit (Aji Enje), Sultan Kutai ke-21. Terdapat dua bangunan utama yang menjadi ikon kompleks ini, Â yaitu bangunan makam Sultan Aji Muhammad Muslihuddin (Aji Imbut) dan bangunan makam Sultan Muhammad Salehuddin (Aji Kuncur) hingga makam Sultan AM Parikesit.Â
Dan terakhir, ada area khusus di tempat ini yang menjual pernak pernik hasil kerajinan tangan dan juga cinderamata lainnya, yang dapat kita beli dan dapat dijadikan buah tangan hasil kunjungan ke Museum Mulawarman.
Ada satu museum lagi di Tenggarong yaitu museum kayu Tuah Himba yang mengkoleksi ukiran kayu dan berbagai macam replika kayu borneo lainnya, dan yang menjadi ikon adalah dua monster sangata yaitu buaya sangata yang telah diawaetkan konon dahulu dua buaya ini pernah memangsa manusia.