Pertama, diperlukan pemahaman antar semua pihak mulai dari masyarakat, pemerintah Daerah Istimewa Yogyakarta, kementerian atau lembaga terkait dengan dana keistimewaan ini.
Kedua, masyarakat dan pemerintah kabupaten atau kota yang ada di Daerah Istimewa Yogyakarta harus ikut serta dalam penyusunan program mulai dari perencanaan sampai dengan pengawasan.
Ketiga, harus ada komitmen yang kuat antar semua pihak dalam melaksanakan program yang didanai oleh dana keistimewaan, karena sampai saat ini masih adanya pandangan bahwa kewenangan tersebut hanya menjadi tanggung jawab pemerintah provinsi saja.
Terakhir, harus ada tambahan sumber daya manusia untuk mengelola masalah dana keuangan agar target dan program yang sudah ditentukan dapat tercapai sehingga tidak terjadi beban kerja yang berlebihan.