Sebelum amandemen UUD 1945 menerangkan bahwa kekuasaan negara dipegang oleh MPR sebagai lembaga perwakilan rakyat. MPR berkehendak untuk menetapkan Undang-Undang dan Garis-garis Besar Haluan Negara, mengangkat presiden dan wakil presiden. MPR menjadi lembaga negara tertinggi dimana presiden yang diangkat oleh MPR tunduk dan bertanggung jawab kepada MPR serta menjalankan haluan negara sesuai yang sudah ditetapkan oleh MPR
3. Presiden merupakan penyelenggara pemerintahan negara tertinggi dibawah majelis
Presiden merupakan pemegang kekuasaan tertinggi setelah MPR, presiden merupakan mandataris MPR, presiden tunduk dan bertanggung jawab kepada MPR. Meski demikian, kekuasaan presiden sebagai kepala negara tidak terbatas, presiden memiliki kewenangan dalam membentuk Undang-Undang dan menetapkan Perpu, dalam hal ini juga presiden tidak bertanggung jawab kepada DPR. Selama masa Orde Baru hanya beberapa undang-undang yang datang dari DPR (hampir seluruhnya dari Presiden), bahkan kultur ini masih berjalan sampai sekarang setelah perubahan UUD.
4. Menteri-menteri adalah pembantu presiden dan tidak bertanggung jawab kepada DPR
Dalam hal ini kedudukan menteri tidak bergantung pada DPR namun bergantung pada presiden, hal ini dikarenakan kedudukan menteri sebagai pembantu presiden. Menteri-menteri negara bukan pegawai tinggi biasa, menteri negara ini pada prakteknya menjalankan langsung kekuasaan pemerintahan. Menteri memiliki wewenang untuk memimpin departemen, dan wewenang untuk membentuk dan membubarkan departemen diserahkan kepada presiden. Selain itu DPR memiliki kedudukan yang sangat kuat, dimana DPR tidak dapat dibubarkan oleh presiden. Dalam kedudukannya yang sangat kuat, DPR berwenang mengawasi presiden, jika dalam praktek penyelenggaraan negara presiden melanggar garis besar haluan negara dan UU maka MPR dapat diundang untuk menyelenggarakan persidangan istimewa dengan tujuan meminta pertanggung jawaban kepada presiden.
SISTEM PENYELENGGARAAN NEGARA SETELAH AMANDEMEN
Setelah amandemen sistem konstitusi berubah menjadi Check and balances, Check and balances merupakan pembatasan kekuasaan lembaga negara oleh Undang-Undang Dasar, dalam hal ini tidak ada lembaga negara tertinggi dan terendah, semua lembaga negara memiliki kedudukan yang sama yang diatur berdasarkan fungsinya masing-masing. Atas dasar hal tersebut, perubahan pasal 1ayat 2 UUD 1945 dilakukan, sebelumnya pasal tersebut berbunyi "Kedaulatan ditangan rakyat dan dilakukan sepenuhnya oleh MPR" kemudian diubah menjadi "Kedaulatan di tangan rakyat dan dilaksanakan menurut Undang-Undang Dasar".Â
Hal ini menjelaskan bahwa kedaulatan rakyat berdasarkan kedaulatan yang termuat dalam Undang-Undang Dasar dan dilaksanakan berdasarkan UUD oleh lembaga-lembaga negara. Maka dari itu kedaulatan rakyat, dilaksanakan oleh lembaga negara seperti  MPR, DPR, DPD, Presiden, Mahkamah Agung, Mahkamah Konstitusi, Komisi Yudisial, BPK dan lain-lain sesuai tugas dan wewenangnya masing-masing yang telah diatur dalam UUD. Rakyat memiliki keistimewaan yaitu memiliki kewenangan secara langsung untuk dapat melaksanakan kedaulatannya menentukan Presiden dan Wakil Presidennya melalui pemilihan umum. Adapun perubahan lembaga-lembaga negara dan kewenangannya setelah amandemen UUD 1945 sebagai berikut :
1. MPR
Sebelum di amandemen MPR menjadi lembaga negara tertinggi, namun setelah perubahan pasal 1 ayat 2 yang menjadi "Kedaulatan di tangan rakyat dan dilaksanakan menurut Undang-Undang Dasar", dengan perubahan ini, menimbulkan hilangnya supremasi MPR sebagai lembaga yang melakukan kedaulatan rakyat secara menyeluruh, dengan demikian kedudukan MPR sebagai lembaga tertinggi sudah tidak relevan. Selain itu, MPR tidak lagi memiliki kewenangan untuk mengangkat presiden, maka MPR tidak perlu lagi menetapkan Garis-garis Besar Haluan Negara untuk dijalankan oleh Presiden setiap lima tahun sekali.
2. DPR
