Pajak daerah (lokal) adalah pajak yang dipungut oleh pemerintah daerah. Pajak ini terbatas hanya untuk rakyat daerah itu sendiri dan dilakukan oleh Pemda Tingkat II maupun Pemda Tingkat I. Contoh pajak daerah adalah pajak hotel, pajak hiburan, pajak restoran, pajak reklame, pajak tontonan, pajak radio, pajak kendaraan bermotor, pajak bahan bakar dan masih banyak lainnya.
Banyaknya investor yang hadir dan mewarnai pendapatan daerah Kabupaten Raja Ampat sangat membantu dalam memberikan pemasukan dalam memenuhi kebutuhan daerah dan jalannya suatu kehidupan rumah tangga daerah. Menjadi sebuah destinasi tempat wisata yang banyak diminati banyaknya pengunjung dari dalam negeri maupun luar negeri ini membuat ketersediaan fasilitas pariwisata sangat dibutuhkan oleh sebab itu banyaknya dibuat fasilitas pariwisata mulai dari tempat tinggal, tempat makan, transportasi hingga fasilitas lainnya yang menarik minat para pengunjung.
Para investor yang hadir dan memberikan fasilitas tersebut dan juga untuk mengembangakan  usahanya sangat diperhatikan oleh pemerintah bagaimana sistem pengerjaan mereka karena mereka adalah pemberi pajak terbesar di Kabupaten Raja Ampat.Â
Sesuai dengan kententuan jenis pajak berdasarkan pemungutannya. Sehingga mulai dari semua hotel, restoran, resort dan kendaraan yang disediakan untuk menunjang fasilitas pariwisata wajib untuk terdaftar dan dipakaikan alat pendeteksi pajak sehingga akan mempermudah pemerintah untuk melacak dan mengatur pemungutan pajak tersebut hal ini sendiri telah di terapkan oleh Bupati Raja Ampat. Sehingga wisata alam milik Kabupaten Raja Ampat ini diharapkan untuk terus bisa dijaga keindahannya dan terus dikembangakan.
