Pondok Pesantren merupakan metamorfose dari sistem pendidikan pada masa Hindu Budha. Sebagai perkembangan pendidikan pada masa itu. Pesantren mengajarkan nilai--nilai luhur dalam budaya jawa, pada umumnya di Indonesia. Pembelajaran di pesantren hampir 99% menggunakan kitab kuning yang berbahasa jawa yang di mulai dari jenjang ibtidaiyah, Tsanawiyah hingga Aliyah.
Sistem Pesantren ini di terapkan sejak sebelum kemerdakaan RI, dari masa ke masa Sistem Pesantren ini selalu konsekwen pada prinsipnya, walaupun Pemimpin negara selalu berganti, apalagi pada masa presiden Suharto, peran pesantren selalu di tutupi dan di batasi oleh pemerintah.
Di awal era reformasi, sistem lembaga yang satu ini, mulai di kenal lagi di jajaran pemerintahan, dengan realisasinya gusdur sebagai alumni Pesantren di percaya masyarakat duduk di singgasana pemerintah tertinggi (Presiden), walaupun di tengah perjalananya beliu mengemban tugas, banyak yang tidak.cocok dan akhirnya gusdur turun dari keprabon.
Pondok Pesantren yang di jawa terutama, dengan sistem dan metode pembelajarannya yang sangat konsekwen menjadikan cirikhas tersendiri. Dalam melestarikan kebudayaan jawa, terutama bahasa jawa menjadi identitas bagi lembaga yang satu ini. Apalagi, dalam pembelajarannya menggunakan kitab salaf (kitab kuning) yang mana tidak semua orang bisa mempelajarinya jika belum merasakan hidup di pondok pesantren.
Cara yang unik tapi sukses, yaitu dengan sistem memaknai kitab kuning dengan cara menggantung (makna gandul :b.jawanya) didalam makna makna inilah bahasa jawa, bahkan bahasa jawa kuno masih di terapkan sampai sekarang. Seperti halnya kata : utawi, kelawan, bayane, sayogjane, dumadakan, ingsun, drapun, ingyento, soho dst. Selain itu, pesantren juga menerapkan sistem tulisan pegon, yang sistem ini tulisannya semua huruf konsonan.Â
Sistem Pesantren ini, bisa di ketahui dan dirasakan bagi orang yang pernah hidup di dunia pondok pesantren. Maka jika seseorang belum pernah hidup di kalangan pondok pesantren hanya bisa mengetahui secara global saja dalam memandang pesantren. Akan tetapi, perannya sangat urgen dan terbukti, Pesantren sebagai Pelestari Bahasa Jawa ini belum diakui muri secara legal. Padahal, sampai sekarangpun bahasa jawa kawi yang di terapkan dipesantren belum tentu kesehariannya masyarakat jawa menggunakan bahasa jawa kawi tersebut. Inilah salah satu kekayaan pesantren di nusantara ini.
Pondok Pesantren memang sangatlah berperan aktif dalam mencerdaskan masyarakat, sebagaimana yang di ungkapkan di UDD Dasar 45. Akan tetapi secara management tiap pesantren di indonesia ini, Pemimpinnya mempunya kebijakan kebijakan tersendiri dalam pengelolaan Pendidikan di pesantren. Pemimpin satu dengan yang lain tak bisa di pukul rata, sebagaimana pendidikan formal.Â
Selain itu, Pondok pesantren juga tak pernah memberikan kajian kajian ektrime dalam agama, yang kita kenal dengan Radikalisme. Maka, pesantren di masa dulu tak pernah mengetahui doktrin doktrin radikalisme. Mereka para santri dengan semangat menghilangkan kebodohan menuju pemahaman agama secara detail. Pesantren salafi ini juga tak terlalu mengangung agungkan bangsa Arab yang mana notabenya sebagai negara islam. Dan kebudayaan Arabisme di bawa ke indonesia ini, yang mana kita kenal sebagai faham wahabisme.Â
Pondok pesantren ya pondok pesantren, walaupun berbagai faham (radikalisme, wahabisme, liberalisme, dll) telah menyerang, mengkritisi, bahkan ingin menguasainya, tapi Pesantren tetap tegar, kukuh, konsekwen serta istiqomah dalam mengelola Pesantren.
Pesantren yang dimaksudkan penulis, yaitu Pondok Pesantren salafi dan pesantren semi modern. Beda lagi dengan pesantren modern, mereka tak tahu sistem pembelajaran seperti di pesantren salaf. Apalagi Pesantren teroris, sangatlah beda. Mereka para santri hanya di kasih ilmu ilmu extrimis agama yang mana ujung2nya faham radikal. Beda juga dengan pesantren habib, mereka para santri hanya diberikan ilmu agama yang praktisi saja, contoh ilmu tentang sholawat, ilmu tentang dai (penyebaran agama).Â
Pesantren menjadikan negara ini utuh, kuat, nasionalis, agamis, dan bermartabat yang mana akan selalu di cari celahnya oleh orang orang yang tak bertanggung jawab di negeri ini. Penulis menyebutnya mughot (pembrontak halus).