Dia menceritakan, pernah suatu saat menghukum salah seorang santri dengan menggunduli santri. Namun dia bersyukur apa yang dia lakukan ternyata dapat diterima oleh santrinya. Tidak membuat santri berbalik membenci apalagi menanam dendam terhadap dirinya. “Selama ada pesantren akan selalu ada anak yang nakal. Itulah tugas kita memperbaikinya” tukas Kiyai Sepuh Darunnajah ini.
Menanamkan nilai pendidikan yang bernafaskan Islami bukanlah perkara yang mudah dan berhenti hanya pada saat seseorang mengenyam pendidikannya di pesantren. Namun di pesantren inilah benih-benih pendidikan yang bernafaskan ilmu dan amal ibadah Islam ditumbuhkan dan disemai. Benih inilah yang diharapkan menjadi pohon-pohon yang kokoh dan berakar kuat dalam mengaplikasikan nilai luhur Islam.
“TMI (Tarbiyatul Mualimin Al Islamiyah-metode pendidikan Darunnajah) adalah tafaquh fiddin. Menguasai ilmu agama, kepemimpinan dan ulama masa depan,” sergah Kiyai Mahrus.
Lebih jauh, Dia menegaskan bahwa untuk menumbuhkembangkan nilai-nilai tafaquh fiddin ini santri perlu ditanamkan kebiasaan yang mengarah pada tercapainya visi pesantren “Menciptakan kader umat yang bertafaqquh fi ddin, bertaqwa kepada Allah SWT, berakhlak mulia berpengetahuan luas, terampil dan ulet yang tersebar di seluruh Indonesia.”
Salah satu yang disebutnya sebagai upaya membangun kebiasaan itu adalah dengan membiasakan santri untuk bangun diwaktu sahur, sebelum Shalat Subuh dilaksanakan berjamaah. Menurutnya, seseorang akan memperoleh keberkahan hidup, dengan mendirikan Tahajud. Selain itu orang akan selamat dari bencana dan musibah kalau selalu berjamaan di Masjid.
Untuk itulah dalam pengasuhannya, santri diwajibkan bangun tidur diwaktu sahur. Paling telat setengah jam sebelum Shalat Subuh. Hal ini agar santri terbiasa melaksanakan Shalat Tahajjud yang dinilainya sangat bernilai tinggi. Setelah itu santri pun diwajibkan Shalat Subuh bersama-sama. Karena dipercaya dapat menghindarkan santri dari bencana dan musibah. Tidak hanya cukup disitu, Kiyai Mahrus memimpin langsung Shalat Berjamaah dan setelahnya mengadakan kumpul dengan para santri untuk sekedar memberi nasihat atau mendengarkan cerita dan keluhan santri.
Dikalangan santri dan alumni Darunanajah, Kiyai Mahrus dikenal sebagai kiyai yang dekat dengan para santrinya. Hal inilah yang membuat para alumni Darunnajah terus mengingat nama Kiyai Mahrus sebagai pendidiknya.
Kiyai Mahrus, bercerita bahwa dirinya tidak pernah memberlakukan “protokoler” bagi siapapun yang ingin bertemu dengannya. Termasuk bagi para santri. Hal inilah yang membuat dia dapat dengan mudah dijumpai setiap waktu oleh para santri. Untuk berkonsultasi soal materi belajar, bahkan hanya untuk sekedar menyampaikan kegundahan hati.
Ada satu kisah dari seorang alumni yang sekarang menjadi salah satu Da’I yang cukup terkenal di Indonesia dengan gaya doa yang begitu menggetarkan hati para jamaah.
Semasa menempuh pendidikan di Darunnajah, ternyata Da’I ini pernah mengalami kegundahan batin yang begitu besar. Hatinya berontak terhadap sistem pendidikan yang dijalankan Pesantren Darunnajah. Arifin Ilham muda tidak kuasa membendung kehendaknya untuk keluar dari Darunnajah.
Dalam kondisi yang demikian gundah, Arifin Ilham muda menghadap Kiyai Mahrus dan menceritakan kegundahannya sambil terus meminta untuk keluar dari Darunnajah. Kiyai Mahrus yang memahami masalah hanya mendengarkan. Hingga akhirnya Kiyai Mahrus berdoa dan meminta Arifin Ilham muda yang terbakar amarah meminum segelas air putih darinya. Hasilnya perlahan-lahan amarah menjadi reda dan Arifin Ilham pun melanjutkan pendidikannya di Darunnajah.