Setelah itu B.J. Habibie berangkat ke Jakarta dan menemui petugas yang berwenang. Tidak beberapa lama setelah ia memilih jurusan yang di inginkan, dan semua persyaratan sudah dimilikinya termasuk sebuah paspor. Akhirnya B.J. Habibie pun berangkat menuju Jerman Barat untuk melanjutkan pendidikannya. Di Jerman B.J. Habibie kuliah di Technische Hochschule Aachen dan ia memilih jurusan kontruksi pesawat terbang.
Agar dapat memasuki semester pertama, B.J. Habibie harus mengijuti beberapa ujian yaitu ujian bahasa jerman< inggris dan ilmu-ilmu pengetahuan lainnya. Begitu ia diterima, ternyata B.J. Habibie sudah harus mengikuti tentamen, kawan-kawannya pun mengikuti ujian tersebut. Namun pada saat itu B.J, Habibie sedang mengalami kesulitan uang sedangkan teman-teman nya tidak. Pada saat liburan musim panas, teman-teman B.J. Habibie malah banyak yang mencai uang dan menunda-nunda ujiannya.
Tapi tidak untuk seorang B.J. Habibie, ia tetap mengikuti ujian dan mnecari uang untuk membeli buku, kare bagi beliau ujian adalah kesempatan, sehingga kapan pun ia selalu berusaha untuk lulus. Dengan cara itulah 4 tahun kemudian dalam umur 22 tahun B.J. Habaibie sudah brada pada tingkat akhir, sebagai calon insinyur. Walaupun ia cukup serius dalam pelajarannya, tetapi ia tidak lupa untuk melibatkan dirinya dalam kegiatan sosial dalam dunia kemahasiswaan. Ia juga senang berorganisasi dan mengurus pementasan seni.
Sesudah B.J. Habibie meraih gelar insinyurnya pada jurusan konturksi pesawat terbang pada tahun 1960, ia berencana untuk pulang ke Indonesia. Maksud dari kepulangan nya B.J. Habibie adalah untuk berziarah ke makan ayahnya dan ibunya juga berharap adanya kemungkian B.J. Habibie mendapat jodoh di Indonesia. Menjelang lebaran B.J. Habibie dan adiknya Junus Effendy Habibie berkunjung ke rumah keluarga Mohammad Besari ayah dari Hasri Ainn Besari. Gadis Ainun lah yang dikenal B.J. Habibie sejak ia sekolah di Bandung dulu.
Pada saat itulaj B.J. Habibie dan Aiunun bertemu kembali setelah sekian tahun tidak berjumpa. Dari pertemuan tersebut mulailah perasaan cinta antara B.J. Habibie dan Ainun semakin berkembang dan cinta kedua insan ini berakhir dengan sebuah lamaran dan dilanjutkan dengan pernikahan yang digelar pada tanggal 12 Mei 1962.
B.J. Habibie meraih gelar Diploma. Ing dengan nilai Cumlaude 9,5 pada tahun 1960. Dengan gelar insinyurnya ia bekerja sebagai Assistant Research Scientist pada tahun 1965, pada saat itu B.J. Habibie sedang mengalami kesulitan uang yang terjadi saat putra pertamanya Ilham Akbar lahir, sehingga membuat B.J. Habibie harus mencari pekerjaan tambahan. Akhirnya B.J. Habbie mendapatkan pekerjaan di industri kereta api Jerman.
Setelah beberapa lama bekeja di perusahaan tersebut B.J. Habibie memutuskan untuk tidk bekerja lagi di perusahaan tersebut. Setelah kontraknya sebagai asisten Research Scientist pada institut kontruksi ringan sudah berakhir ia masuk di HFB (Hamburger Flugzeugbau). Diperusahaan ini B.J. Habibie ditugaskan untuk memecahkan suatu persoalan yang menyangkut kestabilan kontruksi di bagian belakang pesawat terbang F 28. Selama bekerja di perusahaan tersebut B.J. Habibie memperoleh dua prestasi, hingga beliau diberi kepercayaan untuk mendesain pesawat-pesawat terbang baru.
Salah satunya adalah pesawat terbang DO-31, dan pesawat ini dikembangkan bersama HFB dan Dornier lalu dibeli oleh National Aeronautics and Space Administration (NASA) dan sekarang pesawat tersebut disimpan di museum. B.J. Habibie menghasilkan rumusan-rumusan yang asli di bidang termodinamika, kontruksi, aerodinamika, dan keretakan. Beberapa rumus beliau sekarang dapat ditemui pada sejumlah jilid Advisory Group For Aerospace Research and Development (AGARD).
Beberapa tahun kemudian rumusan B.J. Habibie tersebut dijadikan bahan kuliah berbagai fakultas teknik. Semakin lama kepercayaan perusahaan kepada B.J. Habibie semakin tebal. Beliau juga terlibat dalam urusan pengembangan pertahanan dan ekonomi Jerman Barat serta NATO. Pada tahun 1974 B.J. Habibie sudah diangkat menjadi Wakil Presiden dan Direktur Teknolog MBB. Dan jabatan tersebut merupakan jabatan tertinggi yang pernah diduduki oleh seorang asing di perusahaan tersebut. Jabatan tersebut ia pegang sampai ia mendapat penggilan untuk pulang ke Indonesia.
Pada tahun 1976, Industri Pesawat Terbang Nusantara di Bandung yang dipimpin oleh B.J. Habibie sudah siap untuk dioperasikan. Hari demi hari beliau menerima tugas berat, tetapi terhormat dan sangat berarti dalam hidupnya. Tahun 1977 B.J. Habibie diangkat menjadi guru besar bidang kontruksi pesawat terbang di ITB, dan pada tahun 1978 ia dipromosikan menjadi Menteri Negara Riset dan Teknologi Indonesia dalam Kabinet Pembangunan III.
 Proses untuk pertama kali menerima jabatan Menteri yang terhormat ini sangat singkat dan waktunya pun mendadak. Menjelang tiga hari keberangkatannya ke luar negeri ia mendapat panggilan dari Presiden Soeharto.
