Pada keputusan Kongres yang diadakan tahun 1924, Java Instituut akan mendirikan sebuah museum di Yogyakarta dengan Panitia Perencana Pendirian Museum yang sebelumnya terbentuk pada tahun 1913 dengan anggota Ir. Th. Karsten P.H.W. Sitsen dan Koeperberg.
Museum ini dibangun dengan tanah bekas "Shouten" yaitu tanah hadiah dari Sri Sutan Hamengkubuwono VIII pada tahun 1934. Sedangkan peresmian museum ini dilakukan oleh Sri Sultan Hamengkubuwono VIII pada tanggal 6 Nopember 1935. Pada masa pendudukan Jepang,Â
Museum Sonobudoyo dikelola oleh Bupati Paniradyapati Wiyata Praja (Kantor Sosial bagian pengajaran) yang kemudian pada jaman kemerdekaan berpindah tangan oleh Bupati Utorodyopati Budaya Prawito yaitu jajaran pemerintah Daerah Istimewa Yogyakarta. Mulai tahun 1974, kepengelolaan Museum Sonobudoyo diserahkan ke Pemerintah Pusat atau Dinas Kebudayaan dan Pariwisata Propinsi Daerah istimewa Yogyakarta.
Tujuan awal didirikannya Museum Sonobudoyo adalah untuk mengumpulkan, melestarikan, serta membina peninggalan budaya. Seiring perkembangannya, museum ini juga dimanfaatkan sebagai objek pemikat seni, objek penelitian, serta objek wisata. Fungsi pengembangan museum ini diharapkan agar kunjungan ke museum tidak hanya bersifat rekreatif tetpi juga bersifat edukatif cultural.
Museum ini memiliki koleksi hingga 430.000 item dan selalu bertambah setiap tahunnya. Pengumpulan koleksi museum didapatkan melalui penyerahan dari masyarakat dengan sistem ganti rugi, hibah, barang titipan, serta pesanan. Museum ini menyimpan 10 (sepuluh) jenis koleksi, diantaranya :
- Jenis koleksi geologika.
- Jenis koleksi biologika.
- Jenis koleksi ethnografika.
- Jenis koleksi arkeologi.
- Jenis koleksi numismatika atau heraldika
- Jenis koleksi historika.
- Jenis koleksi filologika.
- Jenis koeksi keramologika.
- Jenis koleksi senirupa.
- Jenis koleksi teknologika.
Ruang Pameran Museum
Museum Sonobudoyo Unit I memiliki 7 (tujuh) ruangan pameran, yaitu :
- Ruang Pengenalan, ruangan ini memamerkan batik asal pekalongan  dan cirebon, peranti masyarakat tradisional jawa, peninggalan masa kerajaan hindu-budha, kesenian yang tersebar di Pulau Jawa, serta barang-barang milik Kerajaan Yogyakarta.
- Ruang Sejarah, ruangan ini berisi jejak-jejak manusia purba sangiran dan trinil, juga peninggalan prasejarah seperti kapak, alat sepih, penimbas pada masa paleotikum.
- Ruang Klasik dan Peninggalan Islam ruangan ini menyajikan perkembangan sistem kemasyarakatan, perkembangan sistem bahasa, peninggalan masa kerajaan, serta koleksi mengenai bahasa dan tradisi masa Islam.
- Ruang Batik, ruangan ini menyajikan batik-batik dari berbagai daerah di Nusantara dengan bahan dan alat produksinya.
- Ruang Wayang, memperkenalkan seni pertunjukan dan koleksi berbagai jenis wayang.
- Ruang Ukir, menampilkan ukiran yang terdapat dalam peralatan dan dekorasi masyarakat Jawa.
- Ruang Senjata, berisi senjata2 kuno yang sebagian besar berbahan dasar logam, mulai dari senjata yang digunakan sebagai keperluan resmi upacara hingga peralatan perang senjatanya.
- Ruangan Permainan Anak-anak, berisi mainan anak-anak jaman dahulu yang membuat pengunjung bernostalgia dengan kenangan kecil mereka.
- Ruangan Bali, ruangan terakhir ini menyajikan budaya-budaya Bali, di luar ruangan ini terdapat miniatur joglo Bali yang menyajikan suasana di Pulai Bali.
Fasilitas Museum
Museum ini menyajikan gedung yang dapat disewa sebagai tempat pelaksanaan kegiatan-kegiatan. Â Museum Sonobudoyo Unit II atau Gedung Pameran Temporer disewakan untuk masyarakat umum. Gedung ini biasanya digunakan sebagai tempat pelaksanaan kegiatan pameran, seminar, pendidikan, Latihan, dan kegiatan lainnya. Jika ingin melakukan konfirmasi jadwal dengan pengelola Gedung Pameran Temporer, anda dapat menghubungi nomor (0274)373617 untuk memastikan jadwal penyewaan yang tersedia. Setelah mendapatan konfirmasi jadwal, anda perlu mengajukan surat permohonan sewa tempat yang ditujukan kepada Kepala Museum Sonobudoyo Yogyakarta sebagai surat permohonan izin.
