Air kali krukut yang masuk langsung ditempatkan di kolam pre sedimentasi (pre sed). Ada dua kolam pre sed dengan pembatas. Di kolam kedua terlihat instalasi Moving Bed Biological Reactor (MBBR) dengan gelembung udara dari aerasi yang dihasilkan blower. Di sinilah bakteri pemakan ammonium ditempatkan dan dikembangbiakkan. Proses biofiltrasi dimulai, air baku dengan kandungan ammonium yang tinggi mulai direduksi. Dari angka 7 mg/L menjadi 3 mg/L.
Teknologi MBBR ini merupakan teknologi pertama di Asia Tenggara dan merupakan teknologi yang ramah lingkungan. Karena dengan menurunnya ammonium pada air baku akan mengurangi tingkat injeksi chlorine yang  dimasukkan didalam air baku. Selain memangkas biaya produksi, karena harga chlorine terbilang cukup mahal.
Setelah dari kolam pre sedementasi dengan biofiltrasi MBBR maka air baku dimasukkan ke dalam unit pengolahan. IPA Cilandak memiliki dua plant pengolahan . Plantpertama merupakan plant lama yang sudah ada sejak tahun 1977. Teknologinya menggunakan tenaga potensial gravitasi . di plant lama ini terdapat 2 unit tahap pengadukan (mixing), pengadukan cepat dan pengadukan lambat untuk proses pembentukan flok.
2 unit pengendapan lumpur/sedimentasi, disinilah terjadi pemisahan lumpur dan air bersih. Air yang ada dibagian atas akan bergerak memisahkan diri, sementara lumpur yang berada dibawah akan tertinggal . Waktu proses di plant lama ini memang lebih lama, namun soal kualitas air yang dihasilkan sama baiknya dengan plant baru.Â
Setelah air baku keluar dari tabung filter bertekanan 3 bar. Maka proses selanjutnya adalah air baku masuk kedalam reservoir. Ada 2 unit reservoir dengan kapasitas masing masing 1000 m3. Di dalam reservoir inilah air dibubuhi chlorine sebagai upaya disinfektan dari bakteri yang merugikan. Setelah tahap ini air baku sudah menjadi air bersih yang siap dialirkan ke-jaringan distribusi.
Pada tahap akhir di reservoir ini  air bersih harus memenuhi parameter atau standar yang telah ditentukan : untuk ammonium berada di level 0,5 ppm, mangan di level 0,2 ppm, besi dilevel 1 ppm dan deterjen pada level 0,5 ppm.
Semua standar air bersih ini harus memenuhi standar kesehatan dari kementerian kesehatan RI. Seperti yang disampaikan Rizky Darmadi selama memberikan keterangan kepada Kompasianers. Air bersih yang dihasilkan selalu dimonitoring di setiap tahap proses. Uji lab selalu dilakukan untuk menjamin kualitas air selalu terjaga dan memenuhi standar kesehatan.
Hulu Kali Krukut yag berada di Bogor dan sepanjang daerah aliran sungai (DAS) merupakan wilayah yang harus selalu terjaga dari polusi air, sampah dan limbah zat beracun seperti deterjen. IPA Cilandak tidak di-design untuk mengolah air baku dengan tingkat polutan tinggi.
Penurunan kualitas lingkungan DAS akan langsung berimbas pada kualitas air sungai. Pemanfaatan DAS sebagi pemukiman, lokasi usaha atau aliran pembuangan limbah dari industri akan membuat kualitas air Kali Krukut menurun drastis. Biota hidup disekitaran DAS akan mengalami kerusakan dan kematian.