Pada tahun 1806, Raja Belanda, Louis, memanggil Daendels untuk berbakti lagi kepada Belanda. Dan atas usulan dari Napoleon Bonaparte, Raja Louis mengirimkan Daendels ke Batavia untuk menjadi Gubernur Jenderal (yang ke 36) menggantikan Gubernur Jenderal sebelumnya, Abraham de Veer.
Masa pemerintahannya sebagai penguasa di Hindia-Belanda berlangsung antara tahun 1808-1811 adalah masa-masa dimana Belanda dipengaruhi oleh Perancis.
Oleh karenanya, tak heran Daendels lantas dijuluki oleh orang-orang Perancis sebagai Napoleon Kecil, atau Klein Napoleon.
Dengan sendirinya, banyak buku-buku tentang H.W. Daendels yang terbit di Perancis.Â
Semasa pemerintahannya Daendels dikenal sebagai anti korupsi. Salah satu buktinya dia menerapkan sistem birokrasi. Namun konon, Daendels sendiri korupsi dan dituduh memperkaya diri sendiri.
Apakah Daendels mengetahui jika uangnya dikorupsi oleh Bupati? Mungkin saja dia mengetahuinya, tapi tidak bertindak apa-apa, karena dia sendiri korupsi.
