Alkisah, pada tahun 1400 Masehi ada rombongan dari Kerajaan Majapahit dari Jawa berkunjung ke Kerajaan Galuh. Adapun kepala rombongan tadi adalah Raden Baribin. Raden Baribin ini bukan orang sembarangan. Dia masih saudara dekat dengan Prabu Kertabumi (Raja Majapahit).
Raja Galuh lantas menikahkan Raden Baribin dengan Ratna Ayu Kirana, saiah seorang putri dari Kerajaan Galuh. Raja Dewa Niskala pun mengambil seorang istri dari rombongan Majapahit tersebut.
Tindakan itu menimbulkan amarah Raja Susuktunggal. Raja Sunda menuduh Raja Galuh melanggar aturan larangan menikah dengan keluarga Kerajaan Majapahit.
Akibat sesuatu peristiwa yang menyakitkan, pada saat itu memang ada larangan keluarga bangsawan Sunda dilarang menikah dengan keluarga Majapahit. Ini lantaran akibat dari ambisi Maha Patih Gajah Mada yang kurang ajar.
Timbul ketegangan antara Kerajaan Galuh dengan Kerajaan Sunda. Kedua raja yang saling menjalin perbesanan itu terancam saling berperang. Untuk menghindari bentrokan tersebut, Dewan Penasehat kedua kerajaan berunding dan meminta kedua raja agar turun tahta.
Lantas kemudian kedua belah pihak berembug dan mereka memutuskan untuk mengangkat Prabu Siliwangi, seorang Prabu yang kemudian legendaris dari Jawa Barat. Nama asli Prabu Siliwangi ini adalah Sri Baduga Maharaja atau disebut juga dengan Jaya Dewata.
Lantas berdirilah Kerajaan Pajajaran yang merupakan gabungan antara Kerajaan Sunda dan Kerajaan Galuh, dipimpin oleh Prabu Siliwangi.
Pakuan berasal dari kata Pakuwuan dan akar kata "paku" yang merujuk kepada suatu kota. "Paku" berkonotasi juga dengan "pusat". Jadi Pakuan Pajajaran diartikan sebagai ibukota Kerajaan Pajajaran.
Bukti lain yang menguatkan Bogor adalah Pakuan Pajajaran dapat dilihat jika Bogor yang berulang tahun setiap tanggal 3 Juni itu lambangnya adalah kujang. Kujang adalah senjata yang dipakai pada jaman Pajajaran.
Jika Anda mengunjungi Bogor di sana dapat temui Tugu Monumen Kota Bogor yang berhiaskan kujang. Dalam penyelidikannya, Tome Pires, seorang penjelajah bangsa Portugis pada abad ke 16 mengatakan "Dayeuh" ibukota Pajajaran ini letaknya "dua hari perjalanan dari Sunda Kelapa".
Ahli sejarah Ten Dam menyebutkan Pajajaran berasal dari kata "sejajar" yang merujuk kepada Sungai Cisadane dan Sungai Ciliwung yang mengalir sejajar.
