Jika ditelisik lebih dalam lagi, sebagai bagian dari perjanjian damia Israel dan Palestina tahun 1994 lalu, Israel mengakui peran Hashemite sebagai penjaga Al-Aqsa dan mempertahankan kontrol keamanan secara keseluruhan atas komplek suci tersebut.
Akar permasalahan konflik yang terus berulang ini adalah dinyatakannya komplek ini sebagai tempat suci oleh kedua belah pihak
Al Aqsa merupakan tempat suci umat Islam ketiga yang perlu dijaga keberadaan dan kesuciannya.  Sementara pihak Yahudi juga mengkalim wilayah ini sebagai  wilayah suci mereka karena keberadaan 2 tempat suci di wilayah tersebut yaitu Temple Mount.
Kompleks Al-Aqsa berada di atas dataran tinggi Kota Tua Yerusalem Timur, yang direbut oleh Israel dalam perang Timur Tengah 1967.
Menurut pihak keamanan Israel kerusuhan di menjd Al Aqsa ini dimulai di pagi hari setelah sholat subuh dimana ratusan warga Palestina disebutkan melemparkan batu dan kembang api ke tentara Israel yang menjaga komplek ini dan juga ke orang Yahudi yang sedang berdoa di wilayah dinding sebelah barat.
Alasan yang digunakan oleh pihak keamanan Israel untuk menduduki masjid Al Aqsa ini adalah untuk membubarkan  dan memukul mundur pegunjuk rasa agar jamaah masjid ini dapat meninggalkan mesjid dengan aman.
Sampai dengan hari ini sudah ada 500 warga Palestina yang ditahan oleh pihak keamanan Israel dan 100 diantaranya sudah dibebaskan.
Seperti kejadian pada tahun lalu, pendudukan Al Aqsa oleh pihak keamanan Israel diprediksi akan memicu kerusuhan yang lebih luas lagi. Oleh sebab itu tidak heran jika Mesir, Qatar dan PBB sudah melakukan mediasi kepada kedua belah pihak yang bersitegang untuk mencegah meluasnya kerusuhan ini.
Tahun lalu kejadian yang sama pecah di bulan suci Ramadhan yang menyebabkan diusirnya  warga Palestina dari wilayah Timur Yerusalem dan juga pendudukan masjid Al Aqsa oleh pihak keamanan Israel.
Konflik dan peristiwa kekerasan ini berlangsung selama 11 hari dan memakan korban jiwa lebih dari 250 warga Palestina dan 13 warga Israel.
Terkiat kerusuhan dan pendudukan Mesjid Al Aqsa ini Menteri Luar Negeri Palestina menyatakan bahwa Israel bertanggung jawab penuh atas kejadian ini dan akan menerima konsekuensi dari tindakannya.
