Semasa menjadi Menteri Desa, Marwan ditengarai menggunakan kekuasannya untuk merekrut Pendamping Desa. Padahal seharusnya dia bisa menggunakan tenaga PNPM untuk menjalankan program penampingan desa sebagai amanat UU Desa. Tapi tidak. Marwan justru menafikan sepuluh ribu lebih pendamping PNPM kemudian merekrut orang baru. Tindakan ini oleh sejumlah pengamat dinilai sengaja dilakukan. Marwan sengaja merekrut orang2nya sendiri (atau kader PKB) sebagai pasukan untuk mengawal PKB dalam Pilpres 2019 dan sekarang Pilgub Jateng 2018. Ironis lagi, kabarnya para pendamping desa ini diwajibkan menjadi kader partai dan rela menyisihkan 10% gajinya untuk partai.
Sumber:
a. Pendamping Desa Dipolitisasi http://koran-sindo.com/page/news/2015-10-27/0/4/Pendamping_Desa_Diduga_Dipolitisasi
b. PKB dan Politisasi Pendamping Desa http://m.inilah.com/news/detail/2247889/pkb-dan-isu-politisasi-pendamping-desa
c. Marwan Politisir Pendamping Desa http://www.kompasiana.com/rabiah_pnpm/singkirkan-pendamping-pnpm-marwan-jafar-politisir-program-pendampingan-desa_555688956523bdca439949e6
3. Plagiat Tulisan Mahasiswa
Berita peniruan atau penjiplakan, rupanya bukan sekali ini menerpa Marwan. Ketika masih menduduki jabatan Ketua Fraksi PKB DPR RI, santer diberitakan ia memlagiat tulisan seorang mahasiswa bernama Jusman Dalle, Humas Kesatuan Aksi Mahasiswa Muslim Indonesia (KAMMI) Daerah Makassar 2009/2011. Tulisan Marwan yang dituding plagiat itu dimuat di halaman Pendapat koran Tempo Edisi 13 Januari berjudul Pengelolaan Energi Libya pasca-Qadhafi. Marwan dituding menjiplak tulisan milik Jusman yang juga Analis Society Research And Humanity Developmnet (SERUM) Institute ini yang sudah dipublikasikan di beberapa forum internet pada 28 Maret 2011. Tulisan Jusman itu berjudul Perang Ideotik Libya (http://www.detiknews.com/read/2011/03/28/083135/1602442/103/perang-ideotik-libya).
Sumber:
a. Marwan Plagiat Tulisan Mahasiswa http://www.tribunnews.com/nasional/2012/01/13/marwan-jafar-dituding-plagiat-tulisan-mahasiswa
b. Ketahuan Nyontek Marwan Salahkan Staf https://nasional.sindonews.com/read/558863/12/ketahuan-nyontek-marwan-jafar-salahkan-staf-1326806846
c. Ketua Fraksi PKB Plagiat http://nasional.news.viva.co.id/news/read/279805-ketua-fraksi-pkb-marwan-ja-far-diduga-plagiat
