Kasus di JIS yang penuh dengan misteri dan keanehan kerap terjadi, berikut adalah beberapa faktor dan perkiraan konspirasi yang beredar di masyarakat :
1. Kematian Azwar yang tidak lazim karena terjadi di kantor polisi. Menurut tempo setelah Azwar tandatangan surat pengakuan , dia tidak lama ke wc bunuh diri. Banyak pertanyaan dari kematian Azwar ini belum terkuak karena penolakan visum oleh keluarganya. Apakah azwar ini dibunuh oleh pihak JIS agar tidak ngoceh ? Apakah pihak kepolisian terlibat ?
2. Kejanggalan kedua , setelah pelapor kedua dan ketiga melaporkan adanya guru terlibat dan desakan pengacara OC Kaligis agar guru tersebut menjadi tersanggka , polisi tetap bunggkam. Seakan2 takut menyidik guru tersebut. Malah mau diserahkan ke interpol.
3. Sejauh ini belum ada wawancara khusus kepada tersanggka2 JIS , sedangkan Emon mengalami perlakuan yang berbeda dan jauh lebih transparan. Seakan2 para pelaku ini diumpetin agar tidak salah bicara.
4. Perubahan w.c. setelah kejadian seakan2 mengindikasikan upaya untuk menyembunyikan barang bukti atau rekaman video.
5. Apakah munggkin satu sekolah bisa memiliki 5 o.b yang semuanya memiliki sifat pedofil tanpa ada beking petinggi di sekolah tersebut. Munggkinkah beberapa dari 5 orang pelaku cuman kambing hitam belaka untuk menutupi perbuatan keji yang dilakukan staf jis yang lain ? Apakah Azwar dibunuh karena dia menolak dijadikan kambing hitam ?
6. Pernyataan korban pertama yang mengindikasikan , bahwa ada banyak orang asing yang terlibat walaupun diketahui sekuriti. Apakah sekuriti juga mengetahui kejadian2 tsb tapi bunggkam karena perintah atau keterlibatan dari petinggi2 jis yang berkuasa ?
7. Dengan seiringnya kasus berjalan, mengapa tiba2 izin imigrasinya para wali murid tk dinyatakan tidak sah dan akan dideportasi ? Seakan2 wali murid yang dilaporkan korban, disembunyikan atau dilindungi oleh pihak jis, imigrasi dan kepolisian.
8. Sewaktu adanya penyidikan dari depdikbud dan pihak kepolisian , kenapa waktu pertama2 adanya acara pencegahan dari pihak JIS ? Pihak korban mengakui kesulitan melaporkan kasus tsb sampai harus proses beberapa kali. Mengapa juga pihak polisi amat 'takut' oleh JIS ? Apa ada beking yang berpanggkat tinggi dibelakangnya .
9. Staf2 KPAI banyak ancaman mati setelah menangani kasus JIS. Orang tua korban juga banyak menerima ancaman dari berbagai lembaga. Bahkan JIS pun pernah mengedarkan email bahwa berita pencabulan tersebut adalah kebohongan dan tidak benar.
10. Berita William Vahey pernah bekerja di JIS selama 10 tahun, kenapa bisa tidak terdeteksi sekian lama ?