Sementara pemain bas D'arcy Wretzky mundur saat penggarapan album "Machina" sekitar tahun 1999. Musisi cantik itu menuduh Corgan terlalu banyak ngatur sehingga D'arcy merasa ide-idenya dibatasi. Posisinya digantikan oleh pemain bas Hole, Melissa Auf Der Maur. Melissa sendiri hanya bertahan setahun dari 1999 sampai 2000.
Gitaris James Iha juga sering beda pendapat dengan Corgan. Bahkan Corgan menuduh Iha jadi penyebab bubarnya the Smashing Pumpkins pada tahun 2000. Iha sempat bikin band A Perfect Circle bareng vokalisnya Tool, Maynard James Keenan. Dia juga sudah punya dua album solo. Iha, yang sempat pacaran dengan D'arcy, emang nggak bisa jauh-jauh dari Corgan, buktinya dia gabung lagi pada 2018. Â
Hanya Billy Corgan yang setia sejak band ini dibentuk 1998. Sempat bubar pada 2000, the Smashing Pumpkins bangkit lagi di tahun 2006. Band yang asalnya dari Chicago ini sudah punya 13 album, yang terbaru dikasih judul "Aghori Mhori Mei" bakal dirilis 2 Agustus 2024.