Ketika itu, Tarempa adalah pusah pemerintahan di pulau tujuh termasuk wilayah Kabupaten Kepulauan Anambas yang disebut district dan Jemaja sebagai wilayahnya disebut Onderdistric dengan ibukota Letung.
Berdasarkan Surat Keputusan Gubernur Kepala Daerah Tingkat I Riau tanggal 9 Agustus 1964 No. UP/247/5/1965 terhitung 1 Januari 1966 semua daerah administratif kewedanan dalam Kabupaten Kepulauan Riau dihapus.
Kemudian melalui Undang-Undang No. 53 Tahun 1999 terbentuklah Kabupaten Natuna, bersama sejumlah Kabupaten di Riau. Kabupaten Natuna saat itu terdiri atas 6 Kecamatan yaitu Kecamatan Bungguran Timur, Kecamatan Bungguran Barat, Kecamatan Jemaja, Kecamatan Siantan, Kecamatan Midai dan Kecamatan Serasan dan satu Kecamatan Pembantu Tebang Ladan.
Seiring dengan kewenangan otonomi daerah, Kabupaten Natuna kemudian melakukan pemekaran daerah kecamatan yang hingga tahun 2008 menjadi 17 kecamatan. Dengan penambahan Kecamatan Palmatak, Kecamatan Bungguran Utara, Kecamatan Pulau Laut, Kecamatan Pulau Tiga, Kecamatan Bungguran Timur Laut, Kecamatan Bungguran Tengah, Kecamatan Siantan Timur, Kecamatan Siantan Selatan, Kecamatan Jemaja Timur, dan Kecamatan Siantan Tengah.
Selanjutnya dengan alasan memperpendek rentang kendali, antara Natuna dengan Anambas, kemudian muncul aspirasi untuk menjadikan Gugusan Kepulauan Anambas sebagai daerah otonomi tersediri.
Melalui perjuangan yang cukup panjang baik di Pusat maupun di daerah Kabupaten Kepulauan Anambas akhirnya terbentuk melalui Undang-Undang No. 33 Tahun 2008 Tanggal 24 Juni 2008, yang saat ini sudah terbentuk sepuluh kecamatan.
LATAR BELAKANG MASALAH
Undang-Undang No 23 tahun 2014 telah merubah tatanan dan sistim pengelolaan pemerintah daerah. Semula, sejumlah kewenangan berada di kabupaten/kota kini beralih ke Pemerintah Provinsi.
Sejak diterapkannya UU No 23 tahun 2014 tentang Pemerintahan Daerah tersebut, sejumlah kewenangan itu tidak lagi di Kabupaten melainkan di provinsi sebagai perwakilan pemerintah pusat di daerah.
Melalui UU No. 23 itu pula, telah terjadi perubahan kewenangan pengelolaan laut Provinsi yang semula 4-12 mil kini menjadi 0-12 mil. Pengelolaan perairan yang sebelumnya oleh Pemerintah Kabupaten/Kota diambil alih oleh Pemerintah Provinsi, salah satunya kewenangan zonasi laut yang dahulu 4-12 mil, kini menjadi 0-12 mil.
