Sebelum berdiri pondok pesantren di wilayah Manunggal Karya dahulu UPT Marisa 1 telah berdiri sebuah Madrasah Wajib Belajar (MWB). Namun madrasah yang diperuntukkan bagi warga transmigran yang beragama islam itu berkembang. Selain karena minimnya perhatian umat juga hanya tenaga pendidik yang menyebabkan semua itu terjadi. Pada tahun 1982 datang seorang dai yang dikirim dari Rabitah Alam Islami ke wilayah pemukiman transmigrasi ini. Dai tersebut bernama Abdul Ghofir Nawawi.Â
Beliau kemudian melakukan penjajakan kepada tokoh masyarakat untuk menghidupkan kembali lembaga pendidikan tersebut. Dengan kesabaran dan ketekunan membina masyarakat transmigrasi usaha ini sedikit demi sedikit mendapatkan dukungan masyarakat. Usaha Kyai Ghofir mulai membuahkan hasil dalam jangka waktu 3 tahun setelah ada di wilayah transmigrasi tersebut tepatnya pada 1 Rabi'ul Awwal 1405 H atau bertepatan dengan 5 November 1985 madrasah wajib belajar secara resmi berubah menjadi pondok pesantren bernama Salafiyah Syafi'iyah yang diasuh oleh KH. Abdul Ghofir Nawawi.
Berdirinya pondok pesantren tersebut tidak bisa lepas dari bantuan pemuda di daerah sekitar. Mereka tersebut bernama Mursyid, Hamka Inambi, BA, Suswanto K BA dan Abdul Jalal. Sejak berdiri 1985 pondok pesantren Salafiyah Syafi'iyah setelah mengalami banyak perkembangan yang awalnya hanya memiliki jenjang pendidikan Ibtidaiyah kini memiliki Madrasah Tsanawiyah, madrasah Aliyah, dan Raudhatul Athfal. Sementara Madrasah Diniyah meliputi Diniyah Awaliyah dan wustho. Demikian pula dengan daerah asal santri yang awalnya hanya dari desa Manunggal karya kecamatan Marisa kini sudah meliputi Paguyaman, sulawesi Tengah, Bolaang Mongondow, Bitung dan Kalimantan Timur.Â
Dengan demikian kelembagaan yang ada di pondok pesantren Salafiyah Syafi'iyah meliputi :
1. Pendidikan formal dan informal
2. Kaderisasi dakwah
3. Majelis taklim
Sistem pendidikan yang digunakan Pesantren ini memadukan antara pendidikan formal dengan pendidikan pesantren. Pendidikan formal melalui madrasah yang ada sedangkan pada Sore harinya mereka mendapat pendidikan tambahan berupa kajian kitab secara intensif meliputi kitab aqidah akhlak, tasawuf, fiqih, usul fiqih, tafsir, hadits, ilmu kalam, tarikh, ulumul quran, ilmu alat, dan mantiq balaghoh.
Dengan demikian khusus dan keunggulan pada pondok pesantren ini terletak pada pengajian Kitab Kitab Salaf khususnya pendalaman ilmu alat dan keterampilan seperti menjahit, pertukangan, agribisnis dan lainnya. Pelajaran keterampilan diberikan kepada para santri setiap hari Jumat. Kepada para santri khususnya yang ada di Tsanawiyah dan Aliyah pesantren menyarankan agar mengikuti kursus bahasa serta akuntansi.
Kegiatan ekonomi yang berkembang di pesantren lebih banyak dilakukan lewat koperasi pondok pesantren. Kopontren merupakan pengadaan sembilan bahan pokok kebutuhan santri dan keluarga besar pesantren miliki daan berbagai kitab yang menjadi buku pegangan pelajar. Bidang perkebunan yakni penanaman mangga gadung yang berusia 3 tahun seluas 1,5 ha, mangga harum manis seluas 1,5 hektar, seluas 2 hektar dan lainnya. Bidang peternakan ternak sapi bantuan sebanyak 20 ekor dan lainnya serta bidang konveksi diarahkan untuk pengadaan seragam busana santri putra dan putri untuk kegiatan tertentu.
Sedangkan untuk pemberdayaan masyarakat sekitar Pesantren menyelenggarakan 2 program antara lain program penyuluhan agribisnis yang tenaga penyuluh berasal dari pesantren dan badai penyuluhan pertanian, selanjutnya kursus keterampilan menjahit bagi ibu-ibu jarak sekitar yang pendidiknya berasal dari santriwati dan guru wanita yang ahli di bidang tersebut. Seluruh kegiatan ekonomi sebagian besar dilaksanakan oleh alumni santri yang dipandu oleh guru-guru. Khusus untuk ternak sapi sebagian besar dipelihara mahasiswa STAIN sultan Amai Gorontalo dan sebagian lagi dipelihara oleh masyarakat dengan sistem bagi hasil yang tujuannya adalah meringankan beban mahasiswa dalam membiayai kuliahnya dan agar masyarakat tetap dapat menyekolahkan anak-anaknya.
Upaya memajukan pondok pesantren melalui bidang fisik dan non fisik. Dalam bidang fisik untuk jangka pendek pesantren menambah asrama santri Putra dan santri putri, pengadaan bangunan kelas tambahan bagi MA, MTS dan MI, serta pembangunan asrama guru. Dan jangka panjang renovasi sarana ibadah serta tempat belajar santri di asrama. Bidang non fisik Pesantren terus meningkatkan profesionalisme pendidik melalui berbagai pelatihan dan penambahan wawasan. Selain hal tersebut juga melakukan peningkatan mutu pelajaran baik bidang studi Agama maupun umum bagi santri. Pesantren juga berusaha memberikan Beasiswa bagi tamatan Aliyah yang berprestasi untuk mengikuti pendidikan sarjana.
