Pondok Pesantren Daarun Nahdhah Thawalib Bangkinang merupakan lembaga pendidikan yang pada mulanya hanya terdiri dari beberapa orang pengurus saja, disamping itu peran ulama dan Kiai sangatlah dominan dalam menentukan arah kebijakan pesantren.Â
Dalam perkembangannya saat ini Pondok Pesantren Darun nahdhah telah memiliki Yayasan Pendidikan Islam PPDNTB. Struktur organisasi Yayasan ditentukan dan dipilih secara bersama dalam musyawarah para pengelola pesantren dan seluruh elemen edukatif. Saat ini Yayasan Pendidikan Islam PPDNTB dipimpin oleh H. M. Natsir.
Organisasi pengelola Pesantren berada di luar kepengurusan Yayasan dengan dikepalai oleh seorang kepala sekolah sekaligus pimpinan pondok pesantren. Kepala sekolah dibantu oleh seorang wakil, sekretaris, bendahara serta beberapa orang koordinator atau divisi yang sesuai dengan kebutuhan. Setelah Kyai Haji muhammad nur mahyudin wafat kepemimpinan dilanjutkan oleh Drs. H. Syahrizul Nur.
Disamping itu saat ini Pesantren juga telah mengembangkan organisasi kelembagaan lain yang menunjang kegiatan dan pengembangan Pesantren yakni Adanya lembaga kajian dakwah yang bersifat otonom.Â
Lembaga ini berfungsi sebagai lembaga penelitian, kajian, pengembangan  keislaman dan dakwah. Struktur lembaga ini ditentukan oleh seluruh tenaga pengajar dengan melakukan koordinasi dengan pengurus yayasan.
Berdasarkan data yang dikeluarkan humas Pesantren Daarun Nahdhah ini tidak kurang dari 1500 santri yang menuntut ilmu di Pondok Pesantren Daarun Nahdhah yang berasal dari berbagai daerah dalam dan luar negeri. Kegiatan pendidikan formal yang dilaksanakan oleh Pondok Pesantren Daarun Nahdhah meliputi jenjang Madrasah Tsanawiyah dan Madrasah Aliyah.
Sedangkan pendidikan pondok pesantren dengan kurikulum sendiri adalah sebagai berikut :
1. Madrasah Tsanawiyah dengan lama belajar 5 tahun materi pelajaran yang meliputi fiqih, tauhid, tafsir, tarikh, usul fiqh, hadits, musalahul hadis, yang pada umumnya membahas kitab-kitab kuning dengan penekanan pada qawaid.
2. Madrasah Aliyah dengan waktu belajarnya 2 tahun materi pembelajarannya meliputi pemantapan qawaid ditambah dengan ilmu Balaghah, mantiq, tarikh tasyrik dan sejumlah pelajaran tambahan.
Pendidikan Pesantren terbagi dalam tujuh jenjang yakni kelas 1 sampai dengan kelas 7, dan selama 7 tahun dengan perkembangan  dari tahun ke tahun mengalami peningkatan yang cukup pesat. Kegiatan ekstrakurikuler yang dilaksanakan oleh para santri tercakup dalam kegiatan pelatihan pembuatan kursi rotan, industri kecil dan menjahit yang bekerja sama dengan Dinas Perindustrian daerah.
Sedangkan kegiatan ekonomi yang dilaksanakan adalah dengan membentuk koperasi pondok pesantren simpan-pinjam yang dikelola oleh Majelis Guru. Dalam upaya ke depan koperasi sedang mengupayakan untuk berusaha di bidang agribisnis karena telah memiliki lahan seluas 65 hektar.Â