Dari Mana Asal Mula dan Mekanisme Infeksi Covid-19?

DARI MANA ASAL MULA DAN MEKANISME INFEKSI COVID -19

Hal ini disampaikan oleh Oleh: Sugiyono Saputra, Ph.D (VetSci) Peneliti Bidang Mikrobiologi, Pusat Penelitian Biologi LIPI saat menjadi pembicara pada acara Kegiatan Forum Ilmiah Dosen yang diadakan secara Online pada Hari/Tanggal : Selasa/21 April 2020, Pukul : 13.00 WIB -- selesai, acara di buka langsung oleh Rektor Universitas Esa Unggul, Dr. Ir. Arief Kusuma Among Praja , MBA, IPU. Forum Ilmiah Rutin di selenggarakan oleh LPPM , pada kesempatan ini sugiyono memaparkan diantaranya:

1. Zoonosis

Menurut WHO, zoonosis merupakan penyakit/infeksi yang ditularkan secara alami dari hewan vertebrata ke manusia. Sejauh ini, terdapat sebanyak 1415 organisme patogen yang terdiri dari 217 virus dan prion, 538 bacteria dan rickettsia, 307 fungi, 66 protozoa dan 287 helminth (cacing), sebanyak 61% dari penyakit tersebut berasal dari hewan, dan lebih dari 2/3 nya merupakan satwa liar. 

Terdapat 5 tahap transmisi zoonosis, yaitu: 1) organisme patogen masih terdapat dalam hewan, 2) infeksi primer (penularan hanya terjadi dari hewan ke manusia), 3) outbreak terbatas (penularan dari hewan dan sedikit kasus antar manusia), 4) outbreak panjang (penularan terjadi kebanyakan antar manusia), 5) organisme patogen eksklusif pada manusia (penularan hanya terjadi antar manusia).

Kebanyakan penyakit timbul karena masalah lingkungan; manusia sendiri yang menyebabkan perubahan alam (kawasan liar dan juga perubahan demografi manusia) dan akibatnya timbul permasalahan yang berkontribusi dalam timbulnya penyakit. Contohnya adalah penyakit Lyme di Amerika Serikat timbul karena berkurangnya habitat satwa liar akibat fragmentasi hutan, lalu peningkatan malaria hampir 50% yang disebabkan oleh deforestasi sebanyak 4%, juga munculnya virus Hendra di Australia disebabkan oleh suburbanisasi.

2. kemunculan COVID-19

Pada tanggal 30 Desember 2019 muncul kasus mirip pneumonia yang tidak diketahui asalnya, yang dilaporkan kepada China National Health Commission. Lalu pada tanggal 7 Januari 2020 virus baru "novel coronavirus" mulai di isolasi. Kasus fatal dilaporkan pertama kali pada tanggal 11 Januari 2020, dan besoknya (12 Januari 2020) virus yang ditetapkan dengan nama 2019-nCoV, squence genome nya dibagikan dengan WHO. Lalu kasus pertama pada negara selain China dilaporkan pertama kali pada tanggal 13 Januari 2020 di Thailand, dan beberapa hari kemudian juga dilaporkan pada Jepang, Korea, dan Beijing.

Virus penyebab COVID-19, yaitu 2019-nCoV / SARS-CoV-2 memiliki kesamaan dengan virus SARS-CoV sebanyak 79% dan juga MERS CoV sebanyak 50%. Coronavirus juga ditemukan pada trenggiling (Pangolin-CoV) dan kelelawar (BatCoV-RaTG13), dan memiliki kesamaan dengan SARS-CoV-2. 

Terdapat 39 spesies coronavirus dalam 27 subgenera dan 6 spesies nya diantaranya dapat menginfeksi manusia. Berdasarkan kajian evolusinya juga, coronavirus yang menginfeksi manusia merupakan virus zoonotic origin, yang berasal dari kelelawar dan tikus, termasuk SARS-CoV-2. COVID-19 merupakan kasus pandemi pertama yang disebabkan oleh coronavirus. COVID-19 lebih infeksius dibanding SARS dan MERS, namun case fatality rate (CFR)nya lebih rendah.

SARS-CoV-2 memiliki struktur spesifik yang membuat penempelan virus ini pada reseptor sel inang paling tidak 10 kali lebih kuat dibanding dengan SARS-CoV. Selain itu, struktur spike protein pada SARS-CoV-2 memiliki bagian yang dapat mengenali dan mengaktifkan proses infeksi secara efisien, yaitu furin cleavage site. 

Furin adalah enzim pada sel inang yang terdapat paru-paru, hati dan usus yang mengindikasikan bahwa SARS-CoV-2 dapat menyerang beberapa organ dalam satu waktu.Tahap infeksi SARS-CoV-2 dapat dibagi menjadi 3 tahap: 

1) periode inkubasi asymptomatic (tanpa gejala) dengan atau tanpa virus yang terdeteksi, 2) periode symptomatic (ada gejala) ringan dengan virus yang terdeteksi, dan 3) tahap gejala gangguan pernafasan berat dengan virus yang terdeteksi tinggi. Virus SARS-CoV-2 tidak terdeteksi pada hari ke-7 (hanya antibodi saja yang terdeteksi), dan gejala COVID-19 mereda pada hari ke-13, dianjurkan juga untuk tetap mengisolasi diri walaupun sudah sembuh karena diduga virus masih dapat ditemukan di tubuh dan ditularkan ke orang lain.

Meskipun dapat bertahan di udara hingga 3 jam, WHO menyatakan bahwa COVID-19 bukan penyakit airborne, karena penularan utamanya adalah melalui kontak langsung dengan droplet pernafasan. Selain itu SARAS-CoV-2 juga dapat bertahan hingga 3 hari pada permukaan plastik dan stainless steel, hingga 1 hari pada kardus, dan 4 jam pada permukaan tembaga.

3. Keparahan COVID-19

Mutasi merupakan bagian dari siklus hidup virus, baik itu mutasi yang signifikan (menyebabkan perubahan signifikan pada karakteristik virus tersebut), maupun tidak signifikan/silent mutation yang tidak menyebabkan perubahan karakteristik virus. Hingga tanggal 21 April 2020, sudah lebih dari 4600 genome SARS-CoV-2 yang berhasil dianalisis dan diketahui bahwa virus yang sudah diisolasi sejak Desember 2019 telah mengalami mutasi. Namun, belum dapat ditentukan bahwa mutasi pada SARS-CoV-2 dapat memperparah COVID-19, karena adanya faktor resiko lain juga yang mempengaruhi tingkat keparahan COVID-19.

CFR yang bervariasi antar negara disebabkan oleh banyak faktor, seperti bervariasinya jumlah kasus, proses pemilihan uji yang bias (orang dengan gejala yang lebih berat yang akan diuji), adanya jeda waktu antara munculnya gejala dan kemarian, dan faktor-faktor lainnya yang dapat meningkatkan kematian seperti koinfeksi, pelayanan kesehatan yang kurang demografi pasien (usia lebih tua), dan juga merokok dan faktor komorbiditas lainnya.

Muncul dugaan bahwa virus SARS-CoV-2 tidak akan bertahan lama di iklim tropis, karena sebagian besar kasus COVID-19 terkonsentrasi pada belahan bumi utara yang sedang mengalami musim dingin. Faktor ini bisa saja tidak berpengaruh ketika virus yang sudah ada didalam tubuh ditularkan melalui kontak langsung dengan orang lain, selain itu ruangan tertutup dan sirkulasi udara yang buruk juga memperparah penyebaran virusnya. Jadi penting bagi kita untuk tetap waspada karena masih ada kemungkinan wabah COVID-19 akan menjadi parah seperti di China dan negara Eropa.

Prioritas utama yang dilakukan sekarang adalah tindakan pencegahan melalui upaya-upaya non farmasi. Tubuh memang dapat membentuk kekebalan tubuh spesifik setelah terinfeksi penyakit baru (herd immunity), konsep inilah yang dianut dalam vaksinasi. Namun membiarkan orang terinfeksi dan mengandalkan terbentuknya herd immunity bukanlah cara yang tepat untuk menghentikan pandemi. Mengandalkan vaksin juga kurang tepat karena pembuatan dan pengembangan vaksin cenderung lama, sehingga tindakan pencegahanlah yang paling tepat dilakukan sekarang ini.

Tindakan pencegahan ini dapat membantu penekanan kurva agar menjadi lebih landai yang disebut dengan gerakan flatten the curve (jumlah kasus masih berada dalam jangkauan kapasitas sistem pelayanan kesehatan), sehingga dapat mencegah kejadian pandemik menjadi parah dan juga mempercepat selesainya pandemik. Tindakan ini merupakan tindakan kolektif (usaha bersama) yang dapat dilakukan dengan menjaga kebersihan diri (cuci tangan), pembatasan sosial, dan juga membersihkan permukaan yang sering disentuh di area umum (desinfeksi)

Perlu diperhatikan bahwa desinfeksi (pembersihan dengan desinfektan) hanya boleh dilakukan pada benda mati saja, bukan pada tubuh manusia. Lakukan desinfeksi pada permukaan benda yang sering disentuh seperti gagang pintu, pagar, dan lainnya. Sterilisasi pada tangan dapat dilakukan dengan cuci tangan maupun menggunakan alkohol (hand sanitizer). 

Selain itu, penting untuk segera mengganti dan mencuci pakaian setelah berpergian dari luar rumah, dan juga memisahkan barang yang banyak disentuh orang seperti uang di tempat khusus dan mencuci tangan setelah meyentuhnya.

4. Isu seputar COVID-19

Mutasi nukleotida (furin cleavage site) dan data genetik nya menunjukkan bahwa SARS-CoV-2 bukan derivat dari virus yang sudah diketahui sebelumnya, sehingga SARS-CoV-2 bukan virus hasil manipulasi laboratorium. Biasanya manipulasi dilakukan dengan benggunakan sistem genetik dari betacoronavirus yang sudah terkarakterisasi dengan baik. 

SARS-CoV-2 juga bukan merupakan virus lama yang disimpan di laboratorium kemudian bocor, karena terdapat perbedaan antara SARS-CoV-2 SARS-CoV yang sudah ada selama ini, sehingga disimpulkan bahwa pada SARS-CoV-2 terjadi mutasi secara alami. Tetapi mungkin juga virus ini merupakan virus baru yang diisolasi langsung di reservoir alaminya, bukan di laboratorium. Mengenai isu COVID-19 adalah senjata biologis, sejauh ini belum ada bukti ilmiah yang mengindikasikan bahwa COVID-19 merupakan senjata biologis.

Sejauh ini pemerintah China masih melakukan pelacakan terhadap patient zero untuk mengetahui asal usul COVID-19 dan bagaimana penyebarannya. Pasien pertama yang diduga terkena penyakit COVID-19 yang terlacak hingga saat ini adalah seorang berumur 53 tahun dari Wuhan, dengan tanggal kasus 17 November 2019. Berdasarkan penelitian terbaru, dinyatakan bahwa COVID-19 bukan berasal dari pasar seafood Huanan di Wuhan, namun dapat berasal dari tempat lain dan pasar seafood Huanan hanyak berperan sebagai faktor yang menyebabkan meluasnya penyebaran virus ini.

Awalnya, COVID-19 dianggap hanya menyerang etnis tertentu saja, namun pendapat ini terbantahkan. COVID-19 dapat menyerang siapapun, tetapi jumlah kasusnya dipengaruhi oleh faktor resiko lainnya. Seperti wabah SARS dan MERS, pria memiliki case fatality rate yang lebih tinggi dibandingkan dengan wanita pada kasus COVID-19, hal ini mungkin dikarenakan perbedaan faktor lingkungan kerja, riwayat merokok ataupun sistem imun gender-specific.

SARS-CoV-2 berpotensi untuk bertransmisi dari manusia ke hewan, namun tidak bergejala atau gejalanya ringan. Kasus penyebaran antara hewan dan manusia juga sangatlah jarang dan belum ada bukti ilmuah yang menyatakan bahwa COVID-19 dapat ditularkan dari hewan ke manusia, sehingga hewan peliharaan masih dapat dirawat seperti biasa dan tidak dihindari.

Dan yang terakhir perlu diperhatikan bahwa COVID-19 tidak menular dari jenazah yang sudah dimakamkan, karena sejauh ini belum pernah ditemukan bukti ilmiah bahwa penyakit infeksi dapat menular ke penduduk sekitar pemakaman. Virus berbahaya seperti HIV/AIDS, dan Ebola dapat bertahan pada jenazah hingga beberapa hari, namun penularannya dari jenazah hanya dapat terjadi jika terjadi kontak langsung dengan jenazah. Sehingga jenazah yang meninggal akibat COVID-19 apabila sudah dimakamkan, tidak dapat menularkan SARS-CoV-2 ke lingkungan sekitarnya ataupun penduduk sekitar pemakaman.