Adapun prosesi Mangokal Holi dapat diceritakan kurang lebih sebagai berikut :
- Memanggil seluruh pihak keluarga yang terlibat sesuai dengan sistem kekerabatanÂ
- Musyawarah semua petinggi adat dan warga setempat terkait pelaksanaan upacaraÂ
- Menggali / mengeluarkan jasad/ tulang belulang leluhur dari makam nya
- Pesta dan upacara adat  Mangongkal Holi
- Menguburkan kembali ke makam yang baru
- Menyelesaikan makam baru sehari setelah jasad/ tulang - belulang dikuburkan kembali
Dalam prosesi penggalian tulang - belulang, dilakukan atas seizin tetua adat. Setelah persetujuan diberikan, maka dilakukan lah penggalian atau pengeluaran jasad / tulang - belulang leluhur dari makam nya.Â
Namun demikian, terdapat tulang - belulang yang sudah tidak dalam keadaan utuh atau bahkan sudah tidak ada lagi sisa nya karena proses pembusukan yang sudah terjadi dalam kurun waktu yang lama. Bilamana terjadi hal demikian, keluarga dapat mengambil tanah dari tempat galian tersebut sebagai simbol jasad leluhur mereka.
Setelah itu, proses pencucian dilakukan untuk, pihak keluarga dari garis keturunan perempuan yang memiliki hak memegang dan membersihkan tulang-belulang leluhur mereka.
Dalam prosesi Mangongkal Holi, tulang belulang leluhur yang sudah puluhan tahun tertanam di dalam tanah dicuci dengan air jeruk kemudian dilumuri dengan air kunyit agar tulang - belulang tersebut tampak bersih. Setelah dikeringkan, barulah tulang-tulang leluhur mereka kembali dimasukkan ke dalam peti.Â
Setelah dikeringkan dan dimasukkan ke dalam peti, dilakukan prosesi adat dan meletakkan peti - peti tersebut dihadapan keluarga untuk didoakan kembali. Sebagai puncak ritual Mangongkal Holi, seluruh keluarga besar yang turut dalam ritual itu menggelar pesta dan pada akhirnya, peti tersebut dimasukkan ke makam nya yang baru.
Tradisi ini berlangsung cukup lama sebelum masuknya kepercayaan agama ke dalam kehidupan masyarakat Batak Toba. Namun seiring masuknya agama, terjadi sedikit perubahan alur didalam nya.Â
Sebagai contoh, ritual doa kepada Ompu Mulajadi Na Bolon ditiadakan dan digantikan dengan ritual doa sesuai dengan kepercayaan agama Kristen. Walau demikian, perubahan tersebut tidak merubah hal - hal dasar dan tujuan semula diadakan nya tradisi Mangokal Holi ini.