Sebenarnya secara garis besar, awalnya sistem zonasi bertujuan untuk menghapus anggapan "sekolah favorit" yang beredar di masyarakat, sistem ini berusaha untuk membuktikan bahwa "semua sekolah itu sama" sehingga ditinjau dari keefesienan,target dari sistem zonasi seharusnya berada pada titik efisien waktu dan biaya.
Namun pada kenyataanya, sistem ini mengalami masalah atau problem yang berkaitan dengan kualitas setiap sekolah, hal ini masih terlihat dari sistem penerimaan mahasiswa baru di tingkat Perguruan Tinggi yang masih menyertakan syarat akreditasi sekolah untuk menjadi salah satu syarat diterima, tentu saja masalah ini menjadi hal yang patut dipertanyakan oleh siswa yang memiliki niat untuk melanjutkan pendidikannya ke jenjang yang lebih tinggi. Sekolah umum sebagai instansi yang mewadahi generasi bangsa, malah dibingungkan dengan hal semacam ini.
      Masalah atau problem lain yang muncul pada sistem pendidikan di era modern ini adalah pada proses pembelajaran yang dilaksanakan dan ditempuh oleh generasi penerus bangsa selama 12 tahun perjalanan. Dimana dalam proses pembelajaran ini seringkali terdapat hal-hal yang menimbulkan banyak masalah sehingga menyumbang satu dari sepersekian problematika sistem pendidikan di negara Indonesia. Dalam proses pembelajaran, yang menjadi pelaku tersangka tidak selalu guru, namun juga orang tua, lingkungan, dan peserta didik itu sendiri. Masalah yang sering terjadi adalah dari kegiatan proses belajar dan mengajar yang kurang bervariasi, konsentrasi peserta didik yang tidak terpusat, permasalahan ekonomi orang tua, hingga fasilitas yang kurang mendukung proses pembelajaran.
Banyak tenaga pendidik terlatih yang sudah mengerahkan segala usahanya untuk dapat mencetak generasi penerus bangsa yang tidak hanya menjadi penerus, namun juga dapat dijadikan harapan sebagai pelurus bangsa, guru dengan segala kreativitasnya untuk mengkombinasikan bahan ajar yang dapat menarik perhatian peserta didik agar peserta didik mampu dengan mudah memahami apa yang sedang dijelaskan, namun juga tak jarang didapati adanya tenaga pendidik atau guru yang mengabaikan tugas-tugasnya sebagai guru, mereka hanya mengisi kegiatan pembelajaran dengan latihan soal sebanyak-banyaknya tanpa memberi materi atau awalan untuk dapat dijadikan acuan siswa dalam mengerjakan latihan soal yang diberikan, karena adanya materi dapat diibaratkan sebagai pemanasan, atau bahkan dapat digunakan sebagai pelumas bagi peserta didik. Seringkali ditemukan peserta didik dengan karakter yang sangat bergantung dengan internet, salah satu alasan yang dapat menjawab permasalahan ini adalah kurangnya penyampaian pemahaman pada peserta didik sehingga mereka memilih jalan pintas untuk mencontek apa yang mereka lihat di internet daripada menggunakan otak atau pikiran mereka sendiri. Permasalahan dalam proses belajar juga dapat disebabkan oleh orang tua peserta didik yang mungkin kurang mendukung potensi anaknya dalam dunia pendidikan, sehingga anak akan menganggap bahwa pendidikan adalah formalitas saja. Bukan sebagai kewajiban yang harus dijalankan. Padahal, peran penting pendidikan dapat dilihat dari banyaknya figure-figur di Indonesia yang dapat dijadikan role model untuk terus berkembang. Masalah lain yang dialami oleh orang tua juga terkadang pada masalah perekonomian yang tidak bisa mencukupi kebutuhan pendidikan bagi anak-anaknya, masalah ekonomi ini jika ditarik benang merah maka awal penyebabnya juga disebabkan oleh kurang mumpuninya pendidikan yang diperoleh sebelumnya oleh orang tua yang bersangkutan, sebelum pada era modern, masyarakat menganggap bahwa pendidikan tidak terlalu penting sehingga banyak kesempatan yang terlewatkan karena kurangnya edukasi dalam dunia pendidikan yang seharusnya wajib ditempuh untuk memerdekakan diri sendiri, keluarga, dan keturunan.
Masalah selanjutnya adalah mengenai hasil akhir yang harus dilakukan dan didapatkan oleh peserta didik yang telan menempuh pendidikan. Sebelum melepaskan gelar wajib menempuh pendidikan selama 12 tahun, pendidikan di Indonesia masih mewajibkan peserta didiknya untuk menghadapi Ujian Nasional yang nantinya hasil akhirnya tertuang dalam secarik kertas bernama ijazah yang dapat digunakan untuk melanjutkan hidup dengan cara mencari kerja atau melanjutkan pendidikan. Sejak diterapkannya sistem Ujian Nasional sebagai patokan lulus dari dunia pendidikan, banyak peserta didik yang hanya pintar secara otak daripada pintar secara strategi dalam memahami apa saja yang dipelajari selama mengenyam pendidikannya. Akibatnya, banyak ditemui kecurangan pada saat Ujian Nasional berlangsung karena anak telah menanamkan dalam pikirannya bahwa syarat kelulusan Ujian Nasional adalah sebatas pintar secara akademik. Selain itu, masalah lainnya juga ada pada kurangnya fasilitas yang mendukung proses pembelajaran, missal dari berapa rupiah uang yang dikeluarkan untuk biaya pendidikan, namun nyatanya kurang mendapat fasilitas yang memadai, sehingga peserta didik juga akan merasa kurang nyaman, dan proses pembelajaran tidak berjalan dengan baik, akhirnya menghasilkan lulusan yang kurang baik pula. Perlu diketahui bahwa sarana dan prasarana yang baik akan menyumbang beberapa persen keberhasilan dalam kegiatan belajar mengajar namun masih dianggap sebagai hal yang disepelekan.
Tak lepas seputar dari Ujian Nasional dan fasilitas pendukung, hasil akhir yang akan didapati adalah pada kenyataan di luar dunia pendidikan, peserta didik tidak mendapat bekal skill atau kemampuan untuk bertahan hidup, namun hanya sebatas mengerti pemahaman pembelajaran saja. Peserta didik akan mengalami kesulitan dalam mengaplikasikan pengalaman pembelajaran yang telah didapatkan karena mereka tidak mendapat bukti nyata selama menempuh pendidikan.
      Sebenarnya jika mendalami problematika yang berjalan pada sistem pendidikan di Indonesia, masih banyak yang harus diulas dan juga dibenahi. Namun melihat kenyataan yang tidak mudah untuk mengubah suatu sistem yang sedang berjalan, kadangkala sistem tersebut tetap berjalan sebagaimana mestinya tanpa memperhatikan output yang dikeluarkan nantinya. Segala problematika yang ada di dalam sistem kependidikan di Indonesia tidak seluruhnya langsung mendapati jalan keluar atau penyelesaian karena tentu dan sangat jelas tidak mudah untuk merubah sesuatu.
Namun sejauh ini salah satu penyelesaian yang dapat dilakukan adalah melakukan evaluasi yang diikuti dengan pemberlakukan aksi untuk mengatasi masalah yang terjadi. Dengan evaluasi, akan semakin luas penjangkauan masalah yang dapat dibahas, dan juga dapat diatasi pula secara perlahan demi perlahan. Usaha yang lainnya adalah menjalin kerja sama dan komunikasi yang baik antara pihak yang membawahi kependidikan, dengan orang tua serta seluruh peserta didik yang berperan dalam dunia pendidikan.
Kesimpulan
      Pendidikan adalah satu unsur fundamental atau unsur penting yang mendasari kehidupan manusia adalah unsur yang bergerak di dunia pendidikan. Dikatakan sebagai salah satu hal yang fundamental karena pendidikan dapat memengaruhi pertumbuhan bangsa ke arah kemajuan seperti kemajuan untuk memperoleh dan menjangkau pendidikan seluas-luasnya melalui kesempatan yang memadai untuk mendapatkannya. Pendidikan juga dapat digunakan sebagai investasi masa depan, entah dari pendidikan jenjang formal, nonformal, hingga informal.
      Masalah yang sering ditemui dalam sistem pendidikan di era modern terbagi atas masalah yang timbul dalam waktu pendaftaran dan penerimaan peserta didik, proses pembelajaran, hingga hasil akhir yang dilakukan dan didapatkan oleh peserta didik. Melihat kenyataan yang tidak mudah untuk mengubah suatu sistem yang sedang berjalan, kadangkala sistem tersebut tetap berjalan sebagaimana mestinya tanpa memperhatikan output yang dikeluarkan.
