Keempat, Soeharto dibalik Gestapu, karena Soeharto tidak termasuk ke dalam list daftar nama jenderal yang harus diculik. Selain itu, Soeharto juga menguasai pasukan yang digunakan untuk menggagalkan percobaan kudeta. Soeharto memanfaatkan Gestapu untuk melibatkan PKI dalam kericuhan tersebut. Serta Soeharto yang merupakan mantan Panglima Divisi Diponegoro yang tentu dikenal baik oleh para pembangkang. Soeharto juga dicurigai karena ceritanya yang tidak konsisten saat bertemu Latief di rumah sakit.
Kelima, jaringan intelijen dan CIA. Versi ini menyebut bahwa jaringan intelijen Angkatan Darat sendiri yang memprakarsai Gestapu baik karena usaha sendiri maupun bantuan pihak CIA. Versi ini menegaskan tidak adanya hubungan antara Aidit dengan Gerakan 30 September. Tokoh kunci versi ini adalah Mayor Udara Heru Atmojo yang bertanggung jawab terhadap semua operasi yang berakibat fatal terhadap seluruh negeri.Â
Kemudian diketahui Angkatan Darat bahwa Cina Peking mempunyai daftar nama para jenderal yang terbunuh sebelum nama-nama tersebut diumumkan di Jakarta, hal ini membuktikan bahwa Cina Peking mendapat salinan awal. CIA juga dituduh terlibat sebelum terjadinya Gestapu karena wartawati yang menerbitkan sebuah artikel yang menyebut list pertumpahan darah di Indonesia pada tahun 60-an.
Dari kelima versi tersebut, versi pertama yakni PKI sebagai otak dibalik peristiwa ini yang paling masuk akal. Hal ini dikarenakan bukan hanya pada tahun 1965 saja, melainkan pada tahun-tahun sebelumnya. Dan ini merupakan sejarah kelam yang terjadi antar saudara alias bangsa Indonesia itu sendiri. Kita sebagai bangsa Indonesia hanya bisa mencegah hal yang sama tidak terulang kembali dengan menjaga persatuan dan saling terbuka satu sama lain.
