Tidak ada yang tahu apakah surat itu dikembalikan kepada Soeharto atau tidak karena Soedharmono mengaku tidak menyimpannya. Menurut Amirmachmud, naskah Supersemar yang asli terdiri dari dua lembar. Itu juga merupakan penyebab buku "30 Tahun Indonesia Merdeka" ditarik dari peredaran karena di dalamnya memuat naskah Supersemar yang palsu, hanya satu lembar.
Selain soal keaslian, cerita mengenai proses kelahiran Supersemar juga kontroversial. Masih dipertanyakan apakan surat itu dibuat dibawah paksaan atau memang kemauan Soekarno sendiri.Â
Dalam buku berjudul "Kontroversi Sejarah Indonesia" (Syamdani halaman 189), diceritakan mantan anggota Tjakrabirawa yaitu Letnan Dua Soekardjo Wilardjito  menyaksikan bahwa Bung Karno menandatangani Supersemar pada 11 Maret 1966 dengan todongan pistol FN kaliber 46.
Dikatakan Wilardjito, pada saat itu Mayjen Nasoeki Rachmat (saat itu Pangkostrad), Mayjen Maraden Panggabean (Wakasad), Mayjen M Yusuf, dan Mayjen Amirmachmud mendatangi Soekarno di istana Bogor dengan membawa map warna merah muda. Kemudian, M Yusuf menyodorkan sebuah surat yang harus ditandatangani oleh Soekarno. Sempat terjadi dialog dengan Bung Karno. Menurut pengakuan Wilardjito, dari jarak tiga meter di belakang Soekarno, dia melihat Basoeki Rachmat dan M Panggabean menodongkan pistol ke arah Soekarno.
Bila memang itu yang terjadi, maka orang bisa menyimpulkan bahwa sedang terjadi kudeta. Namun, keterangan Wilardjito itu dibantah oleh M Yusuf dan Amirmachmud. Dalam buku "Kontroversi Sejarah Indonesia" halaman 186, Amirmachmud hanya menyebutkan sempat ada rencana membawa senjata ke Bogor.
"Adalah Pak Jusuf yang mengusulkan supaya kita bawa bren, bawa sten, segala macam. Saya bilang, di sana ada dua orang batalyon Cakra (Tjakrabirawa), kita mau apa di sana?" katanya. Ada juga cerita versi lain dari Asvi. Menurutnya, sebelum 11 Maret 1966, Soekarno pernah didatangi oleh dua pengusaha utusan Mayjen Alamsjah Ratu Prawiranegara. Kedua pengusaha itu yaitu Hasjim Ning dan Dasaad. Mereka datang membujuk Soekarno untuk menyerahkan kekuasaanya pada Soeharto. Tetapi, Soekarno menolak, bahkan sempat marah dan melempar asbak. "Di situ terlihat ada usaha membujuk dan menekan Soekarno yang telah dilakukan, kemudian diikuti dengan pengiriman tiga jenderal ke Istana Bogor," ungkap Asvi.
Sidarto Danusubroto, ajudan terakhir presiden Soekarno juga angkat bicara mengenai hal ini. Dikutip dari Kompas.com, Sidarto mengungkapkan "Bung Karno merasa dikibuli," saat dijumpai pihak Kompas.com di kediamannya di Jakarta Selatan, Minggu (6/3/2016).
Menurut Sidarto, Bung Karno menunjukkan sikap yang berbeda dengan serangkaian langkah yang diambil Soeharto setelah menerima Supersemar.
Sidarto tidak menyebutkan detail mengenai perubahan sikap Soekarno, tetapi ia menekankan bahwa Supersemar seharusnya tidak membuat Soeharto membatasi ruang gerak Sang Proklamator dan keluarganya.
"Dalam Supersemar, mana ada soal penahanan? Penahanan fisik, (dibatasi bertemu) keluarganya, penahanan rumah. Supersemar seharusnya melindungi keluarganya, melindungi ajarannya (Soekarno)," kata Sidarto.
Kontroversi selanjutnya adalah soal isinya. Bagi Soekarno, surat itu adalah surat perintah pengendalian keamanan, termasuk keamanan dirinya selaku Presiden dan keluarganya. Soekarno juga pernah menekankan bahwa surat itu bukanlah transfer of authority. Namun, Amirmachmud, jenderal yang membawa surat perintah dari Bogor ke Jakarta pada 11 Maret 1966, menyimpulkan sendiri bahwa itu adalah pengalihan kekuasaan.
