Riau sebagai salah satu Provinsi yang memiliki daerah perairan terluas di Indonesia. Wilayah Kepulauan Riau memiliki ciri khas tersendiri yaitu terdiri dari ribuan pulau besar dan kecil yang tersebar di Laut Cina Selatan dan pertemuan antara laut Cina Selatan, Selat Malaka dan Selat Karimata. Fisiografi kepulauan mempengaruhi ekosistem-ekosistem yang terbentuk di kawasan Kepulauan Riau yang didominasi oleh ekosistem laut dangkal. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Ekosistem alami yang terdapat di wilayah pesisir Kepulauan Riau berturut-turut dari darat adalah perairan laut dangkal, terumbu karang, padang lamun, rumput laut, mangrove dan pantai. Ekosistem terumbu karang adalah salah satu ekosistem subur yang terdapat di Kepulauan Riau.
Dalam pengelolaannya, justru terdapat isu-isu permasalahan di wilayah pesisir Riau Kepulauan antara lain :
- Kerusakan terumbu karang
- Abrasi/erosi terjadi dipantai yang terbuka terhadap rambatan gelombang yang dibangkitkan oleh angin. Abrasi yang intensif terjadi di pantai timur pulau Natuna saat bertiup angin muson utara – timur laut. Abrasi yang intensif juga terjadi di pantai timur pulau-pulau kabupaten karimun, akibat adanya penambangan pasir laut di dasar perairan tersebut. Abrasi terjadi akibat penggalian yang intensifnya hantaman gelombang karena berkurangnya peredaman energi dan gelombang.
- Penurunan kualitas air di sekitar perairan Karimun kerena peningkatan kekeruhan akibat penambangan pasir.
- Peningkatan aktivitas kepelabuhan dan industri seperti pelayaran, konstruksi galangan kapal yang merupakan potensi pencemaran terutama di sekitar pantai baguan barat dan utara pulau Batam dari segulung, sekupang dan batu ampar.
- Overfishing
- Kerusakan habitat
- Penggunaan alat tangkap yang dilarang oleh pemerintah seperti : penggunaan bahan peledak, racun (Potassium sianida), Trawl,/ pukat harimau yang secara ekologi merusak kelestarian sumberdaya alam terutam terumbu karang.
- Dampak penambangan yang bersifat negatif misalnya pencemaran kualitas lingkungan, erosi, abrasi dan hilangnya pulau-pulau.
Terumbu Karang merupakan salah satu komponen utama sumber daya pesisir dan laut utama. Terumbu karang adalah struktur hidup yang terbesar dan tertua di dunia. Untuk sampai ke kondisi yang sekarang, terumbu karang membutuhkan waktu berjuta tahun.  Terumbu karang mengandung berbagai manfaat yang sangat besar dan beragam, baik secara ekologi maupun ekonomi. Jenis-jenis manfaat yang terkandung dalam terumbu karang dapat diidentifikasi menjadi dua yaitu manfaat langsung dan manfaat tidak langsung:
- Pemanfaatan secara langsung oleh manusia adalah pemanfaatan sumber daya ikan, batu karang, pariwisata, penelitian dan pemanfaatan biota perairan lainnya yang terkandung di dalamnya
- Pemanfaatan secara tidak langsung adalah seperti fungsi terumbu karang sebagai penahan abrasi pantai, keanekaragaman hayati dan lain sebagainya.
Sejak dahulu penduduk yang tinggal di dekat pantai berhubungan dengan terumbu karang dalam kondisi yang harmonis. Namun dalam beberapa waktu terakhir ini, melalui adanya teknologi baru dan naiknya permintaan terhadap produksi laut menyebabkan terumbu karang menjadi obyek dari perusakan yang serius. Banyak ilmuwan melihat bahwa penyebab utama kerusakan terumbu karang adalah manusia (anthropogenic impact), misalnya melalui kegiatan tangkap lebih (over-exploitation) terhadap hasil laut, penggunaan teknologi yang merusak (seperti potassium cyanide, bom ikan, muro ami dan lain-lain), erosi, polusi industri dan mismanajemen dari kegiatan pertambangan telah merusak terumbu karang baik secara langsung maupun tidak langsung. Akar permasalahan dari timbulnya ulah manusia untuk merusak terumbu karang adalah :
- Kependudukan dan Kemiskinan
- Tingkat Konsumsi Berlebihan dan Kesenjangan Sumber daya Alam.
- Kelembagaan dan Penegakan Hukum. Rendahnya Pemahaman tentang Ekosistem.
- Kegagalan sistem Ekonomi dan Kebijakan dalam Penilaian Ekosistem
Kerusakan Terumbu Karang Akibat Pembangunan di Wilayah Pesisir
Wilayah pesisir yang tidak dikelola dengan baik dapat mengancam keselamatan terumbu karang akibat sedimentasi dan pencemaran perairan laut. Pengerukan, reklamasi, penambangan pasir, pembuangan limbah padat dan cair, dan konstruksi bangunan, semuanya dapat mengurangi pertumbuhan karang, bahkan menyebabkan pemutihan karang dalam kasus-kasus yang berat. Ancaman terhadap terumbu karang akibat pembangunan wilayah pesisir dianalisis berdasarkan jarak ke pusat pemukiman penduduk, luas area pusat pemukiman, tingkat pertumbuhan penduduk, dan jarak ke pangkalan udara, pertambangan, fasilitas pariwisata, dan pusat fasilitas selam.
Kerusakan Terumbu Karang Akibat Pencemaran Pencemaran Laut
Aktivitas di laut yang mengancam terumbu karang antara lain pencemaran dari pelabuhan, tumpahan minyak, pembuangan bangkai kapal, pembuangan sampah dari atas kapal, dan akibat langsung dari pelemparan jangkar kapal.
Sedimentasi dan Pencemaran DaratPenebangan  hutan, perubahan tata guna lahan, dan praktek pertanian yang buruk, semuanya menyebabkan peningkatan sedimentasi dan masuknya unsur hara ke daerah tangkapan air. Sedimen dalam kolom air dapat sangat mempengaruhi pertumbuhan karang, atau bahkan menyebabkan kematian karang. Kandungan unsur hara yang tinggi dari aliran sungai dapat merangsang pertumbuhan alga yang beracun.
Eksploitasi
Penangkapan ikan secara berlebihan memberikan dampak perubahan padaukuran, tingkat kelimpahan, dan komposisi jenis ikan. Hal itu disebabkan ikan turut berperan di dalam mencapai keseimbangan yang harmonis di dalam ekosistem terumbu karang. Penangkapanbesar-besaran akan menyebabkan terumbukarang menjadi rapuh terhadap gangguan dari alam maupun gangguan dari kegiatan manusia.Penangkapan ikan dengan menggunakan racun dan pengeboman ikan merupakan praktek yang umum dilakukan, yang memberikan dampak sangat negatif bagi terumbu karang. Penangkapan ikan dengan racun akan melepaskan racun sianida ke daerah terumbu karang, yang kemudian akan membunuh atau membius ikan-ikan. Karang yang terpapar sianida berulang kali akan mengalami pemutihan dan kematian. Pengeboman ikan dengan dinamit atau dengan racikan bom lainnya, akan dapat menghancurkan struktur terumbu karang, dan membunuh banyak sekali ikan yang ada di sekelilingnya.
