Museum ini menceritakan kisah sejarah memilukan dari insiden tragis yang menghancurkan Nagasaki. Display barang-barang yang tersisa pasca serangan bom nuklir menggambarkan betapa dahsyat efek dari ledakan nuklir tersebut seperti jam yang berhenti tepat pada saat pengeboman pukul 11:02, sisa reruntuhan tembok dan patung-patung dari Katedral Urakami, baju dan seragam anak sekolah yang hangus, bentuk botol dan atap rumah yang berubah bentuk akibat panasnya ledakan dan sebagainya.
Yang paling menyayat hati dan mengharukan adalah rangkaian foto-foto dan video para penyintas menceritakan kisah dan testimoni mereka akan rasa kehilangan yang mendalam serta sakit pada tubuh akibat dampak radiasi yang ditimbulkan pasca ledakan bom nuklir.Â
Meskipun museum ini lebih kecil dari museum bom atom di Hiroshima, namun dapat menyampaikan pesan perdamaian ke seluruh dunia agar jangan pernah ada lagi tragedi serupa di masa yang akan datang setelah tahu bagaimana dampak bom nuklir yang mematikan.
Tidak jauh dari Museum Bom Atom terdapat Taman Perdamaian Nagasaki yang dapat ditempuh dengan 5 menit berjalan kaki. Taman seluas 18.5 hektar ini dibangun untuk mengenang korban yang meninggal dalam peristiwa pengeboman di Nagasaki. Â
Ada beberapa monumen dan patung di kompleks Taman Perdamaian, monumen utama adalah Air Mancur Perdamaian dan Patung Perdamaian yang merupakan Icon dari Taman Perdamaian.
Patung Perdamaian setinggi 9.7 meter terbuat dari perunggu dengan berat 10 ton yang dirancang oleh Seibo Kitamura pada tahun 1955. Tangan kanan patung menunjuk ke langit yang mewakili ancaman senjata nuklir sementara tangan kiri menunjuk ke arah cakrawala untuk mewakili perdamaian. Sedangkan kelopak mata yang sedikit tertutup melambangkan doa kebahagian bagi para korban.
Air Mancur Perdamaian terdiri dari dua tiang air yang membentuk seperti sepasang sayap burung merpati sebagai simbol perdamaian. Air Mancur ini didedikasikan untuk mengenang semua korban yang menderita luka bakar parah dan meninggal karena kekurangan air setelah serangan bom atom.Â
Setiap tanggal 9 Agustus diadakan upacara peringatan mengenang jatuhnya bom atom Nagasaki yang dipimpin oleh walikota Nagasaki di depan Patung Perdamaian. Upacara dihadiri oleh Perdana Mentri Jepang, tamu undangan dari berbagai negara, para penyintas korban bom atom dan ratusan ribu warga Jepang termasuk anak sekolah.