Pada masa kepemipinan H.O.S Tjokroaminoto ini, SI bukannya hanya fokus apda masalah sosial dan ekonomi, tetapi juga pada masalah agama dan politik. Keanggotaan SI pada masa ini juga bertambah bukan hanya dari Jawa dan Madura saja. Hal ini terlihat pada susunan para pemimpinnya, Haji Samanhudi dan HOS Tjokroaminoto berasal dari Jawa Tengah dan Timur, Agus Salim dan Abdoel Moeis dari Sumater Barat, dan AM. Sangaji dari Maluku.
SI pada jaman kepemipinan H.O.S Tjokroaminoto dijadikan alat pembela bagi rakyat yang lemah. Walaupun organisasi ini berlabel agama, bukan berarti SI tidak peka terhadap perbedaan. Alasan digunakannya label Islam, karena Islam digunakan sebagai pemersatu masyarakat di Hindia Belanda yang terdiri dari banyak suku bangsa pada masa itu. Islam sebagai Rahmatan lil ‘Alamin terpatri dalam jiwa SI, agar menjadi rahmat bagi sekitarnya, khususnya masyarakat Hindia Belanda pada waktu itu.
SI yang progresif dan terkait dengan unsur politik, membuat SI kesulitan saat awal mengajukan badan hukum dan mendapat penolakan oleh Gubernur Jenderal Idenburg. Badan hukum SI hanya bersifat SI lokal di suatu cabang tertentu. Jumlah anggota SI yang luar biasa banyaknya, juga menerbitkan kekhawatiran pemerintah Belanda pada masa itu. Pengakuan terhadap badan hukum SI akhirnya diberikan beberapa tahun kemudian, tepatnya pada tahun 1916.
Pada tahun ini juga, SI mampu menghimpun anggota hingga mencapai 700.000 orang dengan 181 cabang di seluruh bumi Indonesia. Banyaknya jumlah anggota membuat pemerintah Hindia Belanda memberikan izin bagi SI untuk membentuk partai politik dan mengirimkan wakilnya H.O.S Tjokroaminoto menjadi anggota dewan perwakilan (Volksraad) pada tahun 1917. Bersama dengan ini, SI mencapai masa keemasannya dan keanggotaan SI melonjak drastis pada dua tahun berikutnya. Pada tahun 1919, jumlah keanggotaan SI mencapai 2.000.000 orang, dibandingkan dengan Budi Utomo yang tak sampai 10.000 orang pada masa keemasannya.
Jika dilihat dari tahun berdiri dan luasnya pengaruh SI pada bangsa, sudah sepatutnya SI dijadikan awal bagi kebangkitan nasional. SI memberikan pengaruh yang lebih luas di seluruh Indonesia, jika dibandingkan dengan Budi Utomo yang hanya di Jawa dan Madura. SI berdiri lebih awal tahun 1905 jika dibandingkan dengan Budi Utomo yang berdiri pada tahun 1908. Selain itu, SI memperjuangkan politik bangsa dan buruh-buruh yang tertindas pada masa itu. Apalagi ditambah tokoh-tokoh SI pada masa itu yang menjadi tokoh penting dalam kemerdekaan Indonesia kelak. Sebut saja H.O.S Tjokroaminoto, Agus Salim, dan Soekarno adalah tokoh-tokoh bangsa yang lahir dari rahim SI.
Jadi patut dipertanyakan manakah organisasi yang lebih layak di sebut sebagai organisasi yang membawa kebangkitan secara nasional, Sarekat Islam atau Budi Utomo?
