Ruang Anatomi STOVIA menjadi "Komunitas Belajar" yang menghasilkan kesepakatan kelas membentuk perkumpulan non politik bernama Budi Utomo. Bergerak di bidang Pendidikan yang bersifat sosial, ekonomi dan  kebudayaan yang tertuang dalam Anggaran Dasar dan Anggaran Rumah Tangga Budi Utomo. Pengurus Budi Utomo saat berdiri terdiri dari R. Soetomo sebagai Ketua, M.Soelaiman sebagai Wakil Ketua, Soewarno I (Gondo Soewarno) sebagai Sekretaris I, M. Goenawan sebagai Sekretaris II, R. Angka sebagai Bendahara, dan M. Soeradji, M. Moh. Saleh, Soewarno II (M. Soewarno), dan R.M Goembrek sebagai Komisaris.
Gedung STOVIA (School tot Opleiding van Inlandsche Artsen) adalah tempat pendidikan Kedokteran Belanda yang merupakan penyempurnaan dari sistem pendidikan kedokteran Sekolah Dokter Jawa yang didirikan pada 1851 di Rumah Sakit Militer Weltevreeden, sekarang Rumah Sakit Pusat Angkatan Darat Gatot Soebroto. Hal itu diungkap Ika Yuni Purnama dari Institut Kesenian Jakarta (IKJ) dalam Jurnal Senirupa Warna tahun 2019.Â
Sekarang Gedung Stovia merupakan Bangunan Museum Kebangkitan Nasional di Jalan Abdul Rachman Saleh No.26, RT.4/RW.5, Senen, Kec. Senen, Kota Jakarta Pusat, Daerah Khusus Ibukota Jakarta 10410.Â
Sebagai organisasi modern Budi utomo memiliki Anggaran Dasar dan Anggaran Rumah Tangga (AD/ ART) hasil Konggres 1 di Yohgyakarta tanggal 3-5 Oktober 1908 dengan menetapkan susunan Pengurus Besar Budi Utomo, AD/ART Budi Utomo serta Kantor Pusat Budi Utomo.
Hal yang menarik dari kongres ke-satu bahwa para inisiator pertama Budi Utomo (20 Mei 1908) yang mereka adalah para pelajar STOVIA menjadi pengurus Budi Utomo cabang Betawi sedangkan Kantor Pengurus Besar Budi Utomo berada di Yogyakarta dengan RT A. Tirto Kusumo sebagai ketua dan dr. Wahidin Sudirohusodo sebagai wakil ketua.
Lalu sebagai pendidik dan pengajar yang pelajar maka kita Refleksi Pendidikan Menuju Indonesia Emas BUKAN Indonesia (C)emas dengan mengambil hikmah dari buah pemikiran dr. Wahidin Sudirohusodo  antara lain adalah:
1. Organisasi Pendidikan bukanlah organisasi Mencari Kekuasaan (Organisasi Politik).
2. Gagasan Pendidikan Terjangkau karena dr. Wahidin menyampaikan ide-ide untuk mencerdaskan kehidupan bangsa melalui "studiefonds" atau dana pendidikan.Â
3. Mengembalikan marwah pendidikan untuk selalu mencerdaskan kehidupan bangsa.