Sebelum kejadian, ada sebuah surat selebaran yang mengatasnamakan Jemaat GIDI (Gereja Injili di Indonesia) ditujukan kepada umat Islam se Kabupaten Tolikara. Isinya menyatakan bahwa pada tanggal 13-19 Juli 2015 ada seminar dan KKR Pemuda GIDI Tingkat Internasional. GIDI melarang membuka Lebaran tanggal 17 Juli 2015 di Wilayah Kabupaten Tolikara (Karubaga). Dilarang kaum muslimat memakai Yilbab (Jilbab). Surat tersebut ditandatangani oleh Pendeta Mathen Jingga S.Th Ma dan Pendeta Nayus Wenda S.Th. Surat tertanggal 11 Juli 2015 dan dikirimkan tembusannya kepada Bupati Tolikara, Ketua DPRD Tolikara, Polres Tolikara, serta Danramil Tolikara.
Terkait surat tersebut, Presiden GIDI, Dorman Wandikbo mengakui memang ada surat edaran berisi larangan adanya kegiatan Lebaran bagi umat Islam. Namun dia menegaskan, isi surat tersebut keliru dan sudah diklarifikasi sebelum peristiwa pembakaran mushala terjadi. "Sudah saya klarifikasi bahwa isi surat itu tidak benar dan salah. Karena tidak ada yang boleh melarang umat Islam beribadah di hari raya," kata Dorman kepada merdeka.com, Jumat (17/07). Dorman juga mengaku sudah memberitahukan kepada GIDI Wilayah Tolikara selaku pembuat dan penanggungjawab keluarnya surat edaran tersebut. "Gereja tidak melarang kegiatan ibadah umat muslim di Wilayah Toli. Ini hanya kesalahpahaman dan miss komunikasi antara petugas Polres Tolikara," kata Dorman.
Atas kejadian tersebut, Direktur Jenderal Bimas Kristen Kementerian Agama, Oditha R Hutabarat, menyatakan, pihaknya telah menghubungi ketua Sinode Gereja Injil di Indonesia (GIDI) untuk meminta keterangan sekaligus meminta mereka menyampaikan permohonan maaf. "Saya telah menghubungi ketua Sinode GIDI agar segera membuat surat penjelasan kronologis kejadian sekaligus pernyataan permohonan maaf kepada umat Islam Indonesia terkait dengan peristiwa itu," kata Hutabarat, di Jakarta, Jumat (17/7). Hutabarat juga menghubungi Persekutuan Gereja dan Lembaga Injili Indonesia (PGLII) di mana GIDI berafiliasi. PGLII diminta agar bisa bersama-sama menempuh langkah-langkah strategis menyikapi persitiwa itu.
Hutabarat bersama pengurus Persekutuan Gereja-gereja di Indonesia akan mengadakan konferensi pers di Kantor Pusat PGI, Jakarta, untuk memberikan penjelasan sekaligus menyampaikan permohonan maaf kepada umat Islam."Atas nama pemerintah kami mohon maaf atas peristiwa yg melukai hati umat muslim yang adalah saudara-saudara kami sebangsa dan setanah air. Kami berharap agar masalah ini dapat diselesaikan sesuai peraturan perundangan berlaku," katanya.
Antara GIDI dan Tolikara
Penulis saat masih aktif pernah dua tahun bertugas di Papua (Biak) pada satuan Intelijen Kodau-VII (1981-1984). Selama penugasan, penulis mengunjungi pelosok Papua yang saat itu masih bernama Irian Jaya. Baca artikel "Ada Yang Menggoreng Papua?", http://ramalanintelijen.net/?p=4275. Masyarakat pedalaman yang notabene masih sangat rendah pendidikannya sangat mudah dipengaruhi untuk suatu tujuan tertentu. Sehingga ide OPM masih terus muncul hingga kini.
Diakui bahwa sejak lama kegiatan misionaris asing tanpa kenal lelah banyak mengunjungi pedalaman Irja dalam penyebaran agama Kristen, selain itu mereka mencoba meningkatkan pengetahuan masyarakat. Mereka menggunakan pesawat terbang khusus dan ada yang bahkan kemudian berjalan kaki mengingat belum adanya jalan raya untuk kendaraan.
Karubaga adalah ibukota dari Tolikara. Kabupaten Tolikara memiliki luas wilayah 5.234 km2 yang terbagi menjadi 4 kecamatan dengan Karubaga sebagai ibukota kabupaten. Kabupaten ini memiliki penduduk sebanyak 54.821 jiwa (2003). Wilayahnya berbatasan dengan Kabupaten Sarmi di sebelah utara, Kabupaten Jayawijaya di sebelah Selatan, Kabupaten Puncak Jaya di sebelah barat dan Kabupaten Jawawijaya di sebelah Timur. Dari keempat distrik yang ada (Karubaga, Kanggime, Kembu dan Bokondini), hanya distrik Karubaga dan Kanggime yang dapat dijangkau melalui udara dan jalan darat. Melalui udara, Distrik Karubaga atau Kanggimi dapat dicapai dari Wamena dalam waktu sekitar 20 menit.
Sementara GIDI (Gereja Injili di Indonesia) dalam bahasa Inggris The Evangelical Church of Indonesia adalah sebuah organisasi yang terdaftar secara resmi di Kemenag. GIDI Terdaftar sebagai Gereja : Depag RI No. E/Ket/385/1745/76 terdaftar Ulang : No. F/Kep/43/642/89 Akte : No. 15 Tanggal 06 1989. Alamat resmi di Jl. PLN. No. 7 Sentani, Jayapura, Provinsi Papua, Indonesia. Po.Box 99352. telp. (0967) 591291. Visi GIDI 'Umat GIDI Masuk Sorga (The Community of GIDI Enter Heaven)'. Adapun, misinya adalah Penginjilan, Pemuridan, Pembaptisan, dan Pengutusan.
IDI pertama kali dirintis oleh tiga orang dari Badan Misi UFM dan APCM yaitu Hans Veldhuis, Fred Dawson, Russel Bond. Setelah merintis pos di Senggi termasuk membuka lapangan terbang pertama Senggi (1951-1954), pada tanggal 20 Januari 1955 ketiga misionaris beserta 7 orang pemuda dari Senggi terbang dari Sentani tiba di Lembah Baliem di Hitigima dengan  menggunakan pesawat amphibi 'Sealander'.
Kemudian mereka melanjutkan misi dengan berjalan kaki dari Lembah Baliem ke pegunungan Jayawijaya melalui dusun Piramid. Dari Piramid bertolak menyeberangi sungai Baliem dan menyusuri sungai Wodlo dan tiba di Ilugwa. Setelah mereka beristirahat lanjutkan perjalanan ke arah muara sungai Ka'liga (Hablifura) dan akhirnya tiba di danau Archbol pada tanggal 21 Februari 1955. Di area danau Acrhbold disinilah pertama kali mereka mendirikan Camp Injili dan meletakkan dasar teritorial penginjilan dengan dasar visi: 'menyaksikan Kasih Kristus Kepada segala Suku Nieuw Guinea'.
