Meskipun layanan bimbingan konseling di sekolah sangat penting bagi perkembangan siswa, terdapat beberapa tantangan dan kendala yang sering dihadapi dalam implementasinya. Berikut adalah beberapa isu utama yang perlu diperhatikan:
1. Kurangnya Pemahaman dan Dukungan
  - Terkadap pihak sekolah, orang tua, dan bahkan siswa sendiri belum memahami peran dan manfaat layanan bimbingan konseling secara memadai.
  - Kurangnya dukungan dari pihak-pihak terkait dapat menghambat implementasi program bimbingan konseling yang efektif.
2. Keterbatasan Sumber Daya
  - Banyak sekolah menghadapi keterbatasan sumber daya, baik dari segi anggaran, infrastruktur, maupun jumlah konselor yang tersedia.
Keterbatasan ini dapat menghambat pengembangan program bimbingan konseling yang komprehensif.
3. Beban Kerja Konselor yang Tinggi
  - Seringkali konselor sekolah harus menangani beban kerja yang sangat berat, dengan rasio konselor-siswa yang tidak seimbang.
Hal ini dapat mengurangi kualitas layanan yang diberikan konselor kepada siswa.
4. Kesulitan dalam Menjangkau Semua Siswa