1. Esterifikasi
Esterifikasi adalah reaksi asam lemak bebas dengan alkohol membentuk ester dan air. Esterifikasi biasanya dilakukan  jika  minyak  yang  diumpankan  mengandung  asam  lemak  bebas  tinggi.  Dengan  esterifikasi,  kandungan asam  lemak  bebas  dapat  dikonversi  menghasilkan  ester.  Reaksi  ini  dilaksanakan  dengan  menggunakan  katalis padat (heterogen) atau katalis cair (homogen) (Fatmawati dan Shakti, 2013).Â
Katalis-katalis yang cocok adalah zat berkarakter asam kuat merupakan katalis-katalis yang biasa dipakai dalam industri. Reaktan metanol harus ditambahkan dalam jumlah yang sangat berlebih dan air sebagai produk samping reaksi disingkirkan dari fasa reaksi, yaitu fasa minyak. Â Melalui kombinasi-kombinasi yang tepat dari kondisi-kondisi reaksi dan metode penyingkiran air, konversi sempurna asam-asam lemak ke ester metilnya dapat dituntaskan dalam waktu 1 jam (Listiadi dan Putra, 2013)
2. Transesterifikasi
Reaksi transesterifikasi merupakan reaksi tiga tahap dan reaksi balik (reversible) yang membentuk tiga molar FAME dan satu molar gliserol (GL) dari satu molar trigliserida (TG) dan tiga molar metanol. Digliserida (DG) dan monogliserida (MG) merupakan hasil reaksi antara (intermediate). Katalis diharapkan dapat mempengaruhi laju reaksi dalam memproduksi biodiesel secara katalitik pada skala komersial (Susilo, 2006).
Mekanisme reaksi untuk transesterifikasi berkatalis basa dapat diformulasikan dalam tiga tahap. Tahap pertama adalah penyerangan atom karbon karbonil dari molekul trigliserida oleh anion alkohol (ion metoksida) untuk membentuk senyawa antara. Di tahap kedua, senyawa antara bereaksi dengan alcohol (metanol) untuk meregenerasi anion alkohol (ion metoksida). Di tahap terakhir, pembentukan kembali senyawa antara dihasilkan dalam bentuk ester asam lemak dan digliserida. Ketika NaOH, KOH, K2CO3atau katalis sejenis lainnya dicampur dengan alkohol, (Ma dan Hanna, 1999).
 Biodiesel dari Limbah Perikanan
Adapun  pembuatan  biodiesel  dari  minyak  yang  berasam  lemak  bebas  tinggi ini menggunakan reaksi transesterifikasi seperti pembuatan biodiesel pada umumnya dengan pretreatment untuk menurunkan angka asam pada minyak tersebut. Biodiesel dapat  dibuat  dari  minyak  berasam  lemak  bebas  tinggi  dengan  proses  konversi trigliserida menjadi metil atau etil ester dengan proses yang disebut transesterifikasi. Proses transesterifikasi mereaksikan alkohol dengan minyak untuk memutuskan tiga rantai  gugus  ester  dari  setiap  cabang  trigliserida.  Reaksi  ini  memerlukan  panas  dan katalis  basa  untuk  mencapai  derajat  konversi  tinggi  dari  minyak  menjadi  produk yang  terdiri  dari  biodiesel  dan  gliserin.  (Prakoso cit. Asyanti, 2009).
Adapun proses pembuatannya dapat dilihat dari diagram berikut :
Â