Pemberontakan DI/TII. Berdasarkan perundingan Renville, angkatan bersenjata Indonesia harus mundur dari Jawa Barat yang dikuasai Belanda. TNI terpaksa mengungsi ke wilayah Jawa Tengah yang dikuasai Republik Indonesia. Tidak semua pihak dalam negeri  menghormati isi Perjanjian Renville yang dinilai sangat merugikan bangsa Indonesia. Salah satunya adalah S.M. Kartosuwiryo dan para pendukungnya. Pada tanggal 7 Agustus 1949, Kartosuwiryo mengumumkan berdirinya Negara Islam Indonesia (IIN). Tentara dan pendukungnya dikenal dengan nama Tentara Islam Indonesia (TII).Â
Pemberontakan PRRI. Pemberontakan ini dipicu oleh perselisihan hubungan antara pemerintah daerah dan pusat. Daerah frustrasi dengan pemerintah pusat yang dianggap tidak adil dalam mengalokasikan modal pembangunan. Oleh karena itu, daerah-daerah seperti Sumatera Barat, Sumatera Utara, Sumatera Selatan, dan Sulawesi Utara membentuk dewan daerah seperti Dewan Banteng, Dewan Gajah, Dewan Garuda, dan Dewan Mangun. Gerakan ini dikenal dengan nama Pemberontakan PRRI.
Mengingat pentingnya menjaga integrasi, Indonesia dapat melakukan berbagai upaya untuk dikedepannya untuk menghadapi ancaman disintegrasi.
Dalam bidang ideologi dan politik, penguatan ideologi Pancasila menjadi tujuan utama untuk mewujudkan nilai-nilai Pancasila dalam kehidupan sehari-hari. Selain itu, konsep Bhinneka Tunggal Ika juga harus diperkuat untuk menjaga persatuan dan kesatuan. Demokrasi politik, pemerintahan yang adil, supremasi hukum, reformasi kelembagaan politik dan peran aktif Indonesia di ranah internasional juga dibutuhkan.
Di bidang ekonomi, ancaman integrasi dapat diatasi dengan menerapkan sistem perekonomian yang demokratis dan berkeadilan bagi masyarakat. Hal ini termasuk mengoptimalkan sumber daya nasional, berfokus pada kesejahteraan masyarakat, dan pengembangan produksi nasional.Â
Bidang sosial budaya memerlukan upaya peningkatan pemahaman agama dan budaya, memajukan nasionalisme, dan menyaring kebudayaan dengan nilai-nilai Pancasila.Â
Di bidang pertahanan dan keamanan, Indonesia bisa menerapkan sistem pertahanan komprehensif yang menggunakan seluruh sumber daya nasional untuk melindungi kedaulatan, wilayah, dan keamanan negara.
Salah satu contoh nyata upaya Indonesia dalam menghadapi ancaman disintegrasi adalah upaya dalam menghadapi situasi kerusuhan di Papua yang telah menyebabkan kebakaran dan kerusakan ruang publik. Untuk mengatasi masalah ini, pemerintah  mengambil beberapa langkah:
Pembatasan penampilan untuk WNA. Pemerintah memutuskan untuk membatasi sementara masuknya orang asing ke Papua dan Papua Barat. Langkah ini diambil untuk menjaga keamanan nasional di tengah situasi kawasan yang masih tidak menentu.
Memblokir akses ke Internet. Akses internet diblokir sejak 21 Agustus 2019 untuk mencegah penyebaran informasi palsu yang dapat memperburuk keadaan. Pembukaan koneksi Internet akan dilaksanakan secara bertahap, terutama di daerah yang sudah mendukung.Â
Menyediakan lebih banyak kendaraan keamanan. TNI (Tentara Nasional Indonesia) juga berupaya mencegah kerusuhan di Papua dengan mengirimkan tambahan sumber daya keamanan ke Papua Barat. Langkah tersebut bertujuan untuk menghadirkan rasa aman bagi masyarakat Papua.