Kemudian datang orang-orang Belanda dengan bendera VOC yang ternyata juga berminat menguasai pulau Onrust. Catatan sejarah dimulai ketika pada Nopember 1610 Pangeran Jayakarta memberi izin VOC untuk menjadikan Onrust tempat perbaikan kapal dan penyimpanan rempah-rempah, termasuk izin menebang pohon-pohon untuk membuat kapal dsb.
Benteng serupa Martello di Kelor dengan ukuran yang lebih besar mulai dibangun pada tahun 1656 selama 20 tahun dengan Johan Listingh sebagai arsiteknya. Pulau ini juga pernah dijadikan pangkalan armada laut Belanda (1823-1883). Inggeris tercatat pernah menyerang pulau ini pada tahun 1800-an untuk mengambil alih perdagangan rempah-rempah.
Tahun 1883 pulau ini dan pulau-pulau di sekelilingnya pernah hancur karena letusan dahsyat Gunung Krakatau yang menyebabkan gelombang besar. Pulau Onrust pun pernah menjadi pusat karantina haji (1911-1933) serta pusat tahanan politik dan kriminal (1933-1949).
Juga ada kompleks pemakaman Belanda, dimana yang paling terkenal disini adalah makam Maria van de Velde (1693-1721). Ada beberapa versi cerita tentang Maria, tetapi semuanya bernarasi tentang kisah cinta yang tragis.
Awak kapal Tujuh Propinsi atau De Zeven Provincien, yang memberontak tahun 1933 juga pernah dipenjarakan disini dan makam awaknya masih dapat ditemui di ujung pulau.
Hanya yang sedikit kontroversi adalah makam keramat tak jauh dari penjara yang kata Saide adalah makam Kartosuwiryo. Inipun masih simpang-siur duduk ceritanya, karena Fadli Zon-lah yang pertamakali membebernya pada 2014 bahkan menerbitkannya dalam sebuah paperback yang bermuatan kl 80 foto Kartosuwiryo saat ditahan, hingga detik terakhir diberi makan dan ditembak mati oleh algojo Soekarno.
Menurut Zon, Kartosuwiryo dieksekusi dan dikubur di pulau Ubi tak jauh dari Onrust, Sayang pulau itu sudah cukup lama tenggelam, karena digaruk habis untuk kepentingan urugan Bandara  Soetta, Cengkareng. Lalu benarkah yang di Onrust itu makam Kartosuwiryo. Dengan kata lain, benarkah kerangka Kartosuwiryo dipindahkan dengan cermat ke pulau Onrust sebelum pulau Ubi nan malang itu ditenggelamkan. Ini perlu diklarifikasi oleh arsip nasional kita tentunya.
Di pulau Onrust ini pula saya jumpai loket untuk karcis masuk Onrust. Ada Ainun penjaga loket disitu yang ternyata adalah anak pulau Untung Jawa. "Gubernur Anies kalau nggak salah pernah 3 kali datang ke pulau Onrust ini," kata Ainun.
