SD Muhammadiyah Karangkajen 2 Yogyakarta merupakan sekolah pembentukan karakter. Pembentukan Karakter siswa siswi SD Muhammadiyah Karangkajen bukan sekedar mengajarkan atau memberikan pengetahuan tentang baik dan buruk melainkan melakukan proses membiasakan, menyontohkan, melatihkan, menanamkan, dan mendarahdagingkan sifat-sifat yang baik, dan menjauhi perbuatan yang buruk. Proses pendidikan karakter perlu dilakukan sejak dini dan sudah harus dimaksimalkan pada usia sekolah dasar.
Saat ini di SD Muhammadiyah Karangkajen 2 Yogyakarta mempunyai cara-cara tersendiri dalam memberikan pendidikan karakter. Berikut kegiatan yang di lakukan untuk menumbuhkan karakter siswa siswi SD Muhammadiyah Karangkajen 2 Yogyakarta:
1. Pembiasaan Hafalan Al Qur'an Setiap Pagi
Salah satu kegiatan nyata dilakukan di SD Muhammadiyah Karangkajen 2 Yogyakarta  adalah dengan menghafal Al Qur'an sebelum kegiatan pembelajaran di mulai. Kegiatan tersebut di lakukan karna sekolah berupaya untuk membentuk karakter religius yang tinggi sebagai pondasi bekal anak didik di masa mendatang. Dengan adanya hafalan tersebut harapannya siswa sisiwi dapat termotivasi untuk membaca pembiasaan membaca dan cinta terhadap Al- Qur'an.
2. Budaya Salam Setiap Pagi
Dengan adanya budaya salam setiap pagi dapat menanamkan nilai kehidupan kepada generasi untuk berperilaku baik seperti saling menghormati, memberikan senyum, salam, sapa dan berjabat tangan sebagai bagian dari kebiasaan yang baik. Hal ini terjadi dikarenakan guru memberi teladan baik kepada siswa bagaimana berlaku baik terhadap orang lain dan memberikan dampak posistif membangun motivasi siswa dalam mengikuti pembelajaran.
3. Pengajian Rutin di Bulan Ramadhan
SD Muhammadiyah Karangkajen mengadakan kegiatan yang bertujuan menyemarakkan bulan Ramadhan dan juga bertujuan mempererat silaturahmi antar guru dan staf, kegiatan yang dimaksud adalah kegiatan tadarus dan pengajian rutin yang diselenggarakan setiap hari Senin sampai Kamis selama bulan Ramadhan. Tadarus dan pengajian rutin di bulan Ramadhan diikuti oleh seluruh guru dan staf SD Muhammadiyah Karangkajen.
Kegiatan dilaksanakan di aula SD Muhammadiyah Karangkajen setelah shalat Duhur berjamaah, yakni pukul 12.30 sampai 13.30 WIB. Kegiatan diawali dengan tadarus secara mandiri selama kurang lebih 30 menit kemudian dilanjut dengan pengajian yang diisi oleh guru secara bergantian. Kegiatan berjalan secara menyenangkan karena pengajian diisi oleh guru dengan diselingi dengan candaan-candaan yang membuat suasana menjadi tidak canggung.
4. Budaya Sholat Dhuha setiap pagi
Setiap pagi, siswa SD Muhammadiyah Karangkajen 2 melaksanakan kegiatan shalat dhuha bersama di aula yang ada di sekolah. Aula ini dimanfatakan untuk kegiatan sholat dhuha maupun sholat dzuhur berjamaah. Para siswa melaksanakan sholat dhuha secara bergantian sesuai jadwal yang ditentukan guru dari kelas 1 hingga kelas 6.
Shalat Dhuha merupakan Shalat Sunnah 2 rakaat yang dilaksanakan pada waktu dhuha, yaitu mulai naiknya matahari hingga sebelum tergelincir (Sholat Dzuhur). Shalat Sunnah yaitu shalat yang dianjurkan, artinya apabila mengerjakan shalat sunnah maka mendapatkan pahala dan apabila meninggalkan maka tidak memperoleh dosa. Namun keduanya sama-sama mempunyai nilai dzikir kepada Allah.
Ada beberapa manfaat shalat Dhuha, dalam bukunya M. Khalilurrahman Al-Mahfani yang berjudul Berkah Sholat Dhuha, dijelaskan manfaat yang didapatkan dengan mengerjakan sholat Dhuha berdasarkan pengalaman-pengalaman dari orang-orang yang mengerjakannya, antara lain; (1) Hati menjadi tenang; (2) Pikiran menjadi lebih konsentrasi; (3) Kesehatan fisik terjaga; (4) Mendapatkan Kemudahan atau jalan keluar dalam setiap urusan; (5) Memperoleh rizki yang tidak disangka-sangka; (6) Menjadi guat dan tekun dalam berusaha; (7) Kecerdasan meningkat dan menjadikan lebih kreatif; (8) Menjadikan istiqomah (menjalankan sesuatu pada waktunya).
Di SD Muhammadiyah Karangkajen 2 sholat dhuha dilaksanakan dari pukul 07.00- 10.00 secara bergantian dari kelas 1 hingga kelas 6. Pada pelaksanaannya kegiatan sholat dhuha ini berjalan dengan kondusif dan lancar. Para siswa datang ke aula tepat waktu, yang dipantau oleh guru-guru dan juga guru-guru ikut melaksanakan solat dhuha tersebut. Dari program ini diharapkan dapat menumbuhkan karakter siswa agar gemar melaksanakan shalat sunnah yang dianjurkan oleh Nabi Muhammad SAW. Kegatan shalat dhuha juga untuk membangun keimanan yang kuat dan mengajarkan tentang keutamaan shalat dhuha. Selain juga juga memiliki karakter disiplin dan juga sopan santun.
Jadi melalui budaya sekolah berupa shalat dhuha dilakukan agar agar siswa memiliki sikap dan tindakan yang berdasarkan pada nilai-nilai ketuhanan dan ketaatan terhadap suatu aturan atau tata tertib. Program sholat dhuha ini adalah program yang wajib dilakukan oleh para siswa. Jadi siswa dapat melaksanakan solat dhuha tanpa disuruh -- suruh oleh gurunya sehingga dapat dikatakan mereka memiliki tanggung jawab dalam melaksanakan solat dhuha. Tanggung jawab disini bukan hanya hal solat dhuha saja melainkan ketika mereka mendapatkan tugas mereka sepenuh hati akan mengerjakan tugas tersebut.
