SD Muhammadiyah Karangkajen 2 Yogyakarta merupakan sekolah pembentukan karakter. Pembentukan Karakter siswa siswi SD Muhammadiyah Karangkajen bukan sekedar mengajarkan atau memberikan pengetahuan tentang baik dan buruk melainkan melakukan proses membiasakan, menyontohkan, melatihkan, menanamkan, dan mendarahdagingkan sifat-sifat yang baik, dan menjauhi perbuatan yang buruk. Proses pendidikan karakter perlu dilakukan sejak dini dan sudah harus dimaksimalkan pada usia sekolah dasar.
Saat ini di SD Muhammadiyah Karangkajen 2 Yogyakarta mempunyai cara-cara tersendiri dalam memberikan pendidikan karakter. Berikut kegiatan yang di lakukan untuk menumbuhkan karakter siswa siswi SD Muhammadiyah Karangkajen 2 Yogyakarta:
1. Pembiasaan Hafalan Al Qur'an Setiap Pagi
Salah satu kegiatan nyata dilakukan di SD Muhammadiyah Karangkajen 2 Yogyakarta  adalah dengan menghafal Al Qur'an sebelum kegiatan pembelajaran di mulai. Kegiatan tersebut di lakukan karna sekolah berupaya untuk membentuk karakter religius yang tinggi sebagai pondasi bekal anak didik di masa mendatang. Dengan adanya hafalan tersebut harapannya siswa sisiwi dapat termotivasi untuk membaca pembiasaan membaca dan cinta terhadap Al- Qur'an.
2. Budaya Salam Setiap Pagi
Dengan adanya budaya salam setiap pagi dapat menanamkan nilai kehidupan kepada generasi untuk berperilaku baik seperti saling menghormati, memberikan senyum, salam, sapa dan berjabat tangan sebagai bagian dari kebiasaan yang baik. Hal ini terjadi dikarenakan guru memberi teladan baik kepada siswa bagaimana berlaku baik terhadap orang lain dan memberikan dampak posistif membangun motivasi siswa dalam mengikuti pembelajaran.
3. Pengajian Rutin di Bulan Ramadhan