-ruang orientasi berisi peta geografi Indonesia berupa relief yang menayangkan kegiatan geologi dalam bentuk animasi.
-ruang sayap barat terdiri dari beberapa bilik yang menyajikan informasi tentang hipotesis terjadinya bumi. Ruangan ini juga disebut sebagai Ruang Geologi Indonesia, karena menyajikan keadaan geologi di pulau-pulau besar di Indonesia.
-ruang sayap timur berisi informasi sejarah perkembangan makhluk hidup dari masa primitif hingga modern. Di ruangan ini terdapat kumpulan fosil tengkorak manusia purba di Indonesia, serta artefak yang menggambarkan perkembangan budaya.
Lantai 2
Sama halnya dengan lantai 1 , lantai 2 juga memiliki tiga ruangan utama, yaitu ruang barat, ruang tengah, dan ruang timur. Di ruangan tengah pengunjung bisa menyaksikan penyebaran tambang emas terbesar Indonesia, Pegunungan Tengah Papua. Koleksi ini lengkap dengan beberapa contoh batuannya. Ruangan di lantai 2 ini juga menyimpan miniatur pengeboran minyak dan gas bumi. Untuk ruangan timur ada 7 bilik kecil yang menyimpan informasi tentang aspek positif-negatif tatanan geologi manusia. Secara keseluruhan, Museum Geologi memiliki koleksi 250.000 batuan dan mineral, 60.000 fosil, dan lainnya.
