Dalam pesantren, nilai-nilai yang diwujudkan kepada sumber-sumber ajaran islam, yaitu ijtima', hadits, danAl-Qur'an. Pemahaman terhadap sumber-sumber ajaran islam tersebut, kemudian memunculkan suatu disiplin ilmu, yaitu fiqh, tasawuf dan tauhid.Â
Aspek dari disiplin ilmu fiqh, tasawuf dan tauhid mengakar pada cultur pesantren selanjutnya yang berupa nilai yang biasa disebut dengan Ahlussunnah Wal Jama'ah.
Sikap moderat, tasamuh, tawazun, dan 'adl ialah nilai-nilai yang dikembangkan dalam Ahlussunnah Wal Jama'ah. Ahlussunnah Wal Jama'ah ini ialah suatu sistem nilai yang dikenal oleh sebagian besar orang yang dapat mengubah pola fikir dan tindakan seseorang, baik dalam interaksi internal maupun eksternal pesantren.
Kebudayaan pesantren mempunyai tiga wujud antara lain, yaitu yang pertama wujud kebudayaan sebagai suatu kompleks dari ide-ide, gagasan, norma-norma, nilai-nilai, peraturan dsb, yang kedua wujud kebudayaan sebagai suatu kompleks aktivitas, kelakuan, berpola dari manusia dalam masyarakat, dan yang terakhir wujud kebudayaan sebagai benda-benda hasil karya manusia.
Selain kebudayaannya ada macam-macam nilai-nilai pesantren antara lain yaitu :
1. Akhlak karimah
Maksudnya disini yaitu menjadikan akhlak karimah sebagi perkembangan ukuran dalam menentukan kelas santri dalam melanjutkan ke jenjang berikutnya.
2. Ibadah amaliyah
Maksudnya disini yaitu ibadah amaliyah mendisiplinkan santri umtuk melaksanakan sholat fardhu di masjid serta kewajiban bagi santri pada kelas akhir untuk ujian praktek menjadi imam untuk sholat berjamah, amalan-amalan sunnah, doa-doa yang lain.
3. Bacaan Al-Quran
Maksudnya disini yaitu bacaan al-quran diwajibkan santri membaca al-quran ba`da sholat fardhu dan membaca al-quran berkelompok dengan satu guru pembimbing. Membaca al-quran juga menjadi materi dalam ujian semester dengan tujuan untuk menargetkan santri mampu membaca al-quran dengan baik dan benar sesuai dengan kaidah ilmu tajwid.
4. Hafalan surat-surat al-quran
Maksudnya disini yaitu hafalan dengan surat-surat pilihan yang mewajibkan santri untuk mengahafal surat-surat pilihan tersebut. Surat-surat pilihan tersebut antara lain yaitu Al-Mulk, Al-Waqi'ah, Ar-Rahman, Yaa Sin, Al-Kahfi dan juz amma.
Selain menghafal santri juga diharapkan mampu menerapkannya dalam ibadah praktek sehari-hari maupun di pesantren ataupun dalam masyarakat.
5. Dedikasi dan royalitas
Maksudnya disini yaitu didiksi dan royalitas dalam pesantren mendisiplinkan para santrinya dalam kegiatan selama 24jam. Dengan tujuan untuk mengajarkan para santri agar selalu disiplin dan selalu taat pada peraturan yang ada di pondok pesantren tersebut dan juga taat kepada peraturan-peraturan yang telah dibuat oleh para guru atau pengajarnya.
