Penyerbuan yang dilakukan kelompok bersenjata dari Filipina tersebut berdampak pada hubungan kedua negara sehingga perlu adanya peningkatan keamanan anatara Malaysia dengan Filipina dengan berbagai kerjasama yang dapat dilakukan, seperti kerjasama dalam memperketat keamanan wilayah perbatasan sehingga dapat mencegah kelompok bersenjata tersebut dapat keluar masuk wilayah.
Perdana Menteri Malaysia, Datuk Seri Najib Razak juga telah meminta Presiden Filipina Benigno S. Aquino III untuk membuat hotline kamanan antar kedua negara agar dapat mempermudah mencegah terjadinya anacaman kedaualatan dan keamanan yang dapat terjadi di kedua negara tersebut. Selain itu, pembentukan hotline yang akan menghubungkan kedua negara tersebut juga menjadi salah satu upaya peningkatan hubungan kedua negara dalam bidang pertahanan dan keamanan melalui serangkaian pertukaran informasi, pengadaan latihan militer bersama, dan pertukaran pendidikan bagi para angakatan bersenjata kedua negara.
Melalui jalur diplomasi, implementasi kebijakan luar negeri Malaysia terhadap Filipina mampu membangun hubungan kerjasama yang erat antar kedua negara dan menjadi sikap rasional yang diambil oleh Pemerintah Malaysia sebagai alternatif kebijakan yang dapat diambil untuk menanggapi penyerbuan yang dilakukan oleh kelompok bersenjata Kesulatanan Sulu di Malaysia. Kebijakan yang diambil Malaysia terhadap Pemerintah Filipina tersebut tentunya berbanding terbalik dengan langkah yang mereka ambil untuk menghadapi kelompok bersenjata Kesultanan Sulu yang telah masuk ke kawasan Sabah, Malaysia dengan illegal.Â
Melalui hard power, Malaysia mengerahkan angakatan bersenjatanya untuk melakukan operasi militer di wilayah tersebut sebagai bentuk upaya yang dilakukan oleh Malaysia untuk tetap mempertahankan dan memperjuangkan kedaulatan wilayahnya terhadap Sabah. Kerjasama yang erat dan terjalin antar kedua negara tersebut dapat menjadi solusi yang tepat terhadap segala permasalahan yang menjadi tantangan di antara kedua negara.
