Sekutu yang mulai masuk Indonesia pada 15 September 1945 melalui Pelabuhan Tanjung Priok. Dipimpin oleh Letjend Sir Phillips Christison. Didalam rombongan pertama juga ikut pejabat Belanda bernama C.H.O Van der Plas yang akan mengurusi Indonesia. Van der Plas adalah orang kepercayaan Van Mook. Satuan tugas itu diberi nama Allied Forces Netherland East Indies (AFNEI)
AFNEI  memiliki kepentingan untuk membebaskan tahanan militer Jepang. Karena masih banyak militer atau orang Belanda yang ditahan Jepang. Proses pengambil alihan kekuasaan Jepang  di Indonesia oleh Sekutu yang saat itu diwakili militer Inggris. Pertanyaannya kenapa tidak pasukan Amerika yang datang ?
Jawabannya, pusat militer Amerika lebih foKus untuk mengurus Jepang secara langsung, melucuti seluruh kekuatan Jepang dan membuat perjanjian yang melemahkan kekuatan Jepang saat itu.
Bala tantara Inggris yang datang tidak sendirian, Belanda ikut cawe cawe dengan hadirnya AFNEI. Karena merasa bekas wilayah jajahannya, Belanda sangat berkepentingan untuk meneruskan hegemoninya menguasai Indonesia. Padahal Indonesia melalui proklamasi kemardekaan 17 Agustus 1945 sudah menyatakan kemerdekaannya.
Maka sejak akhir 1945 hingga 1949 terjadilah perang kemerdekaan. Senjata hasil rampasan Jepang, ditambah SDM militer dari pelatihan jepang dan Belanda , barisan sipil yang mengangkat senjata, sayap sayap ormas , santri santri, Â dan siapapun yang tergerak akhirnya terlibat perang terbuka seperti peristiwa 10 November Surabaya, Perang Ambarawa, Bandung Lautan Api, dan berbagai perang lainnya.
Perpindahan Ibukota Ke Yogyakarta
Pemerintahan Indonesia saat itu belum memiliki sumberdaya yang cukup, struktur negara seperti dasar negara, undang undang dasar, bendera negara, lagu kebangsaan memang telah dibuat sebelumnya melalui BPUPKI dan dilanjurkan oleh PPKI.
Kabinet Menteri juga sudah dibentuk dan provinsi juga sudah ditetapkan. Namun memang belum bisa berjalan karena situasi yang terus tak terkendali seiring masuknya Sekutu.
Jakarta yang sudah tidak aman sejak AFNEI mendarat lalu membentuk Netherland Indies Civil Administration (NICA) yang membuat aturan aturan yang semakin menyulitkan penduduk sipil. Pembatasan yang membuat pergerakan penduduk semakin sulit.
Karena alasan itulah Bung Karno mengadakan rapat tertutup di kediamannya  pada 2 Januari 1946.  Kepindahan ini disiapkan pada 3 Januari melalui Stasiun Manggarai yang terletak tak jauh dari rumah Bung Karno kurang lebih 300 meter.
Satu rangkaian kereta C 2809 buatan Jerman bergerak pelan  dengan lampu dimatikan menjemput Bung Karno dan rombongan. Perjalanan kereta ini menjadi penentu masadepan pemerintahan Indonesia yang masih belia. Bila misi rahasia ini terbongkar dan terjadi penangkapan bisa jadi pemerintahan Indonesia dinyatakan lenyap.
