Ketika Adi Cokro yang bergelar Mumbu Doi Jawa, kembali ke tanah Jawa dan wafat di sana, tampuk Kerajaan Banggai dilanjutkan oleh Mandapar dengan gelar Mumbu Doi Godong. Mandapar dilantik sebagai raja Banggai pada tahun 1600. di Ternate oleh Sultan Said Uddin Barkat Syah.
Tahun 1602 Belanda datang ke Indonesia dan mendirikan Vereeniging Oost Indische Compagnie (VOC) yang merupakan Kongsi Dagang Belanda untuk perdagangan di Hindia Timur (Indonesia).
Kesaksian salah seorang pelaut bangsa Inggris bernama David Niddelleton yang pernah dua kali datang ke Banggai menyebutkan. Pengaruh VOC di Banggai sudah ada sejak Raja Mandapar memimpin Banggai. Kerajaan Banggai pernah dikuasai Ternate. Namun setelah Kerajaan Ternate dapat ditaklukkan dan direbut oleh Sultan Alauddin dari Kerajaan Gowa (Sulawesi Selatan) maka Banggai ikut menjadi bagian dari Kerajaan Gowa. Dalam sejarah tercatat Kerajaan Gowa sempat berkembang dan mempunyai pengaruh yang sangat besar dan kuat di Indonesia Timur.
Kerajaan Banggai berada di bawah pemerintahan Kerajaan Gowa berlangsung sejak tahun 1625-1667. Pada tahun 1667 dilakukankah penjanjian Bongaya yang sangat terkenal antara Sultan Hasanuddin dari Kerajaan Gowa dengan Laksamana Speelman dari Belanda. Isi dari perjanjian itu antara lain menyebutkan. Sultan Hasanuddin melepaskan semua wilayah yang tadinya masuk dalam kekuasaan Kerajaan Ternate seperti, Selayar, Muna, Manado, Banggai, Gapi (Pulau Peling), Kaidipan, Buol Toli-Toli, Dampelas, Balaesang, Silensak dan Kaili.
Pada saat Sultan Hasanuddin memimpin ia berulang kali melakukan perlawanan terhadap Belanda. Hasanuddin dikenal sebagai raja yang sengit melawan Belanda. Bentuk perjuangan yang dilakukan Hasanuddin ternyata memberikan pengaruh tersendiri bagi Raja Banggai ke-4, yakni Raja Mbulang dengan gelar Mumbu Doi Balantak (1681-1689) hingga Mbulan memberontak terhadap Belanda.
Sebenarnya Mbulang Doi Balantak menolak untuk berkongsi dengan VOC lantaran monopoli dagang yang diterapkan Belanda hanya menguntungkan Belanda sementara rakyatnya diposisi merugi. Tapi apa hendak dikata. Karena desakan Sultan Ternate yang menjadikan Kerajaan Banggai sebagai bagian dari taklukkannya, dengan terpaksa Mbulang Doi Balantak tidak dapat menghindar dari perjanjian yang dibuat VOC (Belanda).
Tahun 1741 tepatnya tanggal 9 Nopember perjanjian antara VOC dengan Mbulang Doi Balantak diperbarui oleh Raja Abu Kasim yang bergelar Mumbu Doi Bacan. Meski perjanjian telah diperbaharui oleh Abu Kasim, tetapi secara sembunyi-sembunyi Abu Kasim menjalin perjanjian kerjasama baru dengan Raja Bungku.itu dilakukan Abu Kasim dengan target ingin melepaskan diri dari Kerajaan Ternate. Langkah yang ditempuh Abu Kasim ini dilakukan karena melihat beban yang dipikul rakyat Banggai sudah sangat berat karena selalu dirugikan VOC. Tahu Raja Abu Kasim menjalin kerjasama dengan Raja Bungku, akhirnya VOC jadi berang (marah). Abu Kasim lantas ditangkap dan dibuang ke Pulau Bacan (Maluku Utara), hingga akhirnya meninggal di sana.
Usaha Raja-Raja Banggai untuk melepaskan diri dari belenggu Kerajaan Ternate berulang kali dilakukan. Dan kejadian serupa dilakukan Raja Banggai ke 9 bernama Atondeng yang bergelar Mumbu Doi Galela (1808-1829). Serupa dengan raja-raja Banggai sebelumnya, Atondeng juga melakukan perlawanan kepada Kesultanan Ternate. Sebenarnya perlawanan Atondeng ditujukan kepada VOC (Belanda). Karena Atondeng menilai perjanjian yang dibuat selama ini hanya menguntungkan Hindia Belanda dan menjepit rakyatnya. Karena itulah Atondeng berontak. Karena perlawanan Atondeng kurang seimbang. Atondeng kemudian ditangkap dan dibuang ke Galela (Pulau Halmahera).
Setelah Atondeng “dibuang” ke Halmahera, Kerajaan Banggai kemudian dipimpin Raja Agama, bergelar Mumbu Doi Bugis. Memerintah tahun 1829-1847. Raja Agama sempat melakukan perlawanan yang sangat heroik dalam perang Tobelo yang sangat terkenal. Tetapi karena Kerajaan Ternante didukung armada laut yang “modern” akhirnya mereka berhasil mematahkan perlawanan Raja Agama. Pusat perlawanan Raja Agama dilakukan dari “Kota Tua” Banggai (Lalongo). Dalam perang Tobelo, Raja Agama sempat dikepung secara rapat oleh musuh. Berkat bantuan rakyat yang sangat mencintainya, Raja Agama dapat diloloskan dan diungsikan ke wilayah Bone Sulawesi Selatan, sampai akhirnya wafat di sana tahun 1874.
Setelah Raja Agama hijrah ke Bone, sebagai pengganti munculah dua bersaudara Lauta dan Taja. Kepemimpinan Raja Lauta dan Raja Taja tidak berlangsung lama. Meski hanya sebentar memimpin tetapi keduanya sempat melakukan perlawanan, hingga akhirnya Raja Lauta dibuang ke Halmahera sedang Raja Taja diasingkan ke Pulau Bacan, Maluku Utara.
Dalam Pemerintahan Kerajaan Banggai, sejak dulunya sudah dikenal sistem demokrasi. Dimana dalam menjalankan roda pemerintahan raja akan dibantu oleh staf eksekutif atau dewan menteri yang dikenal dengan sebutan komisi empat, yaitu :
1) Mayor Ngopa atau Raja Muda
2) Kapitan Laut atau Kepala Angkatan Perang
3) Jogugu atau Menteri Dalam Negeri
4) Hukum Tua atau Pengadilan
Penunjukkan dan pengangkatan komisi empat, dilakukan langsung oleh raja yang tengah bertahta. Sementara badan yang berfungsi selaku Legislatif disebut Basalo Sangkap. Terdiri dari Basalo Dodonung, Basalo Tonobonunungan, Basalo Lampa, dan Basalo Ganggang.
Basalo Sangkap diketuai oleh Basalo Dodonung, dengan tugas melakukan pemilihan setiap bangsawan untuk menjadi raja. Demikian pula untuk melantik seorang raja dilakukan dihadapan Basalo Sangkap.
Basalo Sangkap yang akan melantik raja, lalu akan meriwayatkan secara teratur sejarah raja-raja Banggai. Berurut, kemudian disebutkanlah calon raja yang akan dilantik, yang kepadanya dipakaikan mahkota kerajaan. Dengan begitu, raja tersebut akan resmi menjadi Raja Kerajaan Banggai.
Silsilah raja-raja Banggai disebutkan sebagai berikut : 1. Mandapar dengan gelar Mumbu Doi Godong, 2. Mumbu Doi Kintom, 3. Mumbu Doi Balantak, 4. Mumbu Doi Benteng, 5. Mumbu Doi Mendono, 6. Abu Kasim, 7. Mumbu Doi Pedongko, 8. Manduis, 9. Atondeng, 10. Agama, 11.Lauta, 12.Taja, 13.Tatu Tanga, 14. Saok, 15. Nurdin, 16.Abdul Azis, 17. Abdul Rahman, 18. Haji Awaluddin, 19. Haji Syukuran Aminuddin Amir.
