Gerak laju tentara Belanda dari Maguwo ke kota sempat dihambat oleh pasukan Brigade X di bawah komando Letnan Kolonel Soeharto. Namun penghambatan hanya dilakukan oleh satu kompi saja karena pasukan yang lain berada di luar kota dalam rangka latihan yang sudah direncanakan pada 19 Desember 1948.
Penghambatan itu cukup menahan gerak laju pasukan Belanda, memberi kesempatan kepada pemerintah di kota untuk mengungsi dan melakukan bumi hangus. Dalam tempo enam jam sejak tentara Belanda diterjunkan di lapangan terbang Maguwo, kota Yogyakarta mutlak sudah dikuasai  tentara Belanda.             Â
Dengan didudukinya kota Yogyakarta sebagai Ibukota Republik, sangat besar pengaruhnya terhadap perlawanan di daerah lain. Begitu pula penilaian dari negara lain tentang Indonesia yang oleh Wakil Tinggi Mahkota Dr. Beel, dikatakan Indonesia sudah dihapus dari peta dunia.  Republik Indonesia dinyatakan sebagai staatkundig organisatie (organisasi kenegaraan yang telah dihapus dari muka bumi).
Wajar saja jika rakyat kecewa pada TNI karena seperti tidak berdaya menghadapi serangan tentara Belanda, dengan mudah  ibukota Yogyakarta ditaklukkan. Mudahnya tentara Belanda menduduki Yogya menyasar pada pengusa teritorial kota itu yaitu Komandan Brigade X Letnan Kolonel Soeharto.
Melakukan Serangan Balas
Setelah menentukan markas di luar kota, Letnan Kolonel Soeharto segera menyusun kekuatan dengan berkeliling  mengkonsolidasi pasukan yang pada waktu itu bertebaran di luar kota Yogya. Menghindari intel dan patroli tentara Belanda maka perjalanan dilakukan pada malam hari. Butuh waktu lima hari untuk mengkonsolidasi pasukan TNI dan membaginya dalam empat sektor yaitu srektor utara, barat, selatan dan timur, mengepung kota Yogya.
Tanggal  29 Desember 1948 atau sepuluh hari setelah agresi Belanda, Letnan Kolonel Soeharto meminpin pasukan TNI menyerang pos-pos dan markas tentara Belanda dari arah empat sektor.  Serangan ini mengejutkan Belanda karena mengira TNI sudah lumpuh.  Beberapa orang prajurit Belanda tewas serta pos-pos dan markas tentara Belanda mengalami kerusakan.
Serangan pertama ini dilanjutkan dengan serangan kedua 9 Januari 1949, serangan ketiga 16 Januari 1949, serangan keempat 4 Februari 1948, dan serangan kelima 1 Maret 1949. Serangan kelima ini dikenal dengan Serangan Umum 1 Maret 1949.
Tidak pernah diungkap secara luas selama ini bahwa setelah Serangan Umum pertama tanggal 29 Desembar 1948---mengetahui serangan itu dipimpin oleh putra Kemusuk Letnan Kolonel Soeharto, mulai intel-intel Belanda berdatangan ke desa itu. Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
     Â
Intimidasi bahkan membunuh warga sipil pada saat mencari tokoh TNI dilakukan tentara Belanda diberbagai tempat. Orang tua Kolonel Bambang Sugeng misalnya, ia diculik dan disiksa tentara Belanda karena tidak dapat menunjukan keberadaan Panglima Divisi III itu.