Dua tahun lebih, Eduard dan istrinya tinggal di Purworejo dalam keadaan miskin tapi jujur. Hingga akhirnya dia mendapat promosi sebagai Sekretaris Resinden di Manado.Â
Kita tahu seorang humanis seperti Eduard dapat bergaul dengan cepat hingga hubunganya dengan Residen Manado, Scherius, terjalin sangat baik, sang Residen sangat senang dengan pekerjaan Eduard.Â
Bahkan, Scherius mengusulkan pada pemerintah Hindia Belanda agar Eduard Douwes Dekker lah yang menggantikan posisinya sebagai Residen Manado.
Tapi, Gubernur Jenderal Hindia Belanda yang baru, Albertus Jacobus Duymaer Van Twist, menolak usulan Scherius itu, malah menunjuk C.P Brest van Kempen sebagai Residen Manado. Sedangkan Eduard ditunjuk sebagai Asisten Residen di Ambon.
Kepindahannya ke Ambon tidak membuatnya menyesal. Pada masa itu pemerintah kolonial Hindia Belanda mendapat kesulitan perkembangan penduduk Ambon, serta merebak wabah penyakit.Â
Eduard menghadapi kesulitan itu. Namun, tidak lama dia merasa bahwa dirinya tidak kuasa dan segan sesama pejabat walau pun hubungan mereka sangat baik.
Pada masa Eduard, Hindia Belanda dipimpin oleh kekuasaan feodal dan kolonial. Para feodal  menggantung di pundak kolonial agar mendapatkan posisi jabatan dari meja gubermen. Sedangkan para kolonial membonceng feodal untuk memuluskan langkah mengenggam nasib pribumi Hindia Belanda.
Langkah Eduard melebar setelah pindah ke Lebak---menjabat sebagai Asisten Residen di sana, Eduard makin banyak melihat semua kecurangan, kekerasan, dan penderitaan pribumi semasa hidupnya di Hindia Belanda. Seorang Regens (bupati) seperti tidak memiliki pengaruh besar terhadap Lebak.
Eduard, sosok humanisme barat yang secara tidak langsung membuat kaum liberalis dan sosialis bergerak menerapkan politik etis untuk membalas budi terhadap pribumi.Â
Karena sumber kekayaan Belanda dari hasil pajak di Hindia Belanda. Pada 17 September 1901, Ratu Wilhelmia dalam pidatonya menegaskan tiga dalam kebijakan politik etis. Antara lain:
Irigasi, Emigrasi, dan edukasi. Namun, pemerintah Belanda menyalahgunakan dengan membangun irigasi untuk perkebunan Belanda dan emigrasi dilakukan dengan memindahkan penduduk ke daerah perkebunan Belanda untuk dijadikan pekerja rodi. Dan hanya edukasi yang tidak dikorupsi oleh Pemerintah Belanda.