Jaringan JI dipimpin oleh Amir yakni Abu Bakar Ba'asyir diyakini melakukan teror selama 13 tahun terakhir ini. Organisasi ini memiliki perlengkapan seperti Panglima Perang (Askari), pelaksana harian Amir, Regional Syura dan sebagai Dewan Penasihat Markaz. Hambali memiliki tugas menghubungkan ke jaringan terorisme internasional seperti Al Qaeda dan Abu Sayyaf.
Terbukti bahwa banyak teror di Poso, Ambon, Jawa dan aneka kelompok Abu Sayyaf tempat Umar Patek bernaung selepas melakukan pemboman di Bali I. Serangkaian teror terus berlanjut di bawah komando payung organisasi JI dalam wilayah empat Mantiqi di seluruh Asia Tenggara.
Mantiqi I meliputi wilayah Singapura dan Malaysia. Muklas alias Ali Gufron terpidana mati Bom Bali I pernah menjadi pimpinan Mantiqi I.
Mantiqi II adalah wilayah Indonesia Bagian Barat. Peta wilayah operasi Mantiqi II membawahi delapan Wakalah atau organisasi JI tingkat provinsi. Ada wakalah Sumbagut, Pekanbaru, Lampung, Jabotabek, Jabar, Surakarta, Jateng dan Jatim.
Para wakalah ini masih membawahi wilayah Khatibah atau organisasi setingkat kota. Khatibah membawahi Qirdas. Dibawah Qirdas ada yang namanya Fiah atau kelompok kecil.
Mantiqi III alias Mantiqi Tahlid memiliki wilayah operasi di Mindanao, Sabah, Kaltim dan Sulawesi. Sama seperti Mantiqi lainnya Mantiqi ini juga membawahi Wakalah, lalu Khatibah dan Qirbas. Nasir Abas pernah menjadi pimpinan Mantiqi ini. Mantiqi ini pernah sangat solid dalam aksi teror di Poso dan pernah membentuk Laskar Uhud. Mantiqi IV atau Mantiqi Ukhro meliputi wilayah Australia.
Organisasi ini sering pula bersatu melakukan teror, seperti jaringan terorisme di Sumut, yang melancarkan aksi perampokan dan pelatihan militer di Deli Serdang seluruh organisasi teroris di bawah Mantiki II bersatu. Mereka mengorganisir diri dalam kelompok-kelompok atau Fiah. Ada enam kelompok yang saling bertautan.
Kelompok Boss Medan yang terdiri dari 7 Anggota. Ada kelompok Belawan pimpinan Wak Geng alias Marwan yang berperan merampok untuk mencari senjata. Kelompok Lampung yang diisi Abah alias Jhonson dan Bawor yang bertugas membeli senjata dari dana hail rampokan. Kelompok Pekanbaru ditambah Kelompok Solo dan Kelompok Jabar yang dipimpin Jaja Miharja.
Nah, kelompok teroris yang digrebek di Ciputat merupakan anggota jaringan Fiah dari Mantiqi II. Kelompok Abu Qomar, Dayat Kacamata, merupakan anggota kelompok Jamaah Ansharut Tauhid yang merupakan metamorfose dari Jamaah Islamiyah (JI) pimpinan Abu Bakar Ba'asyir. Kelompok ini pernah mengeluarkan Deklarasi Situ Gintung pada 2012 yang dihadiri Dayat, Nurul Haq dan Abu Roban dengan target serangan kepada aparat keamanan seperti Densus 88 dan polisi.
Strategi kelompok Fiah ini dalam melakukan pengumpulan dana dilakukan dengan merampok untuk perjuangan jihad. Legalitas sepihak yang diajarkan oleh Abu Bakar Ba'asyir ini diyakini menjadikan maraknya perampokan bank dan toko emas di berbagai wilayah di Jakarta, Medan Sumatera Utara, Lombok, Tangerang, Grobogan, Tambakrejo Lampung, Bandung, Makassar, Pontianak, Surabaya.
Kelompok yang saling terkait termasuk Abu Qomar, Santoso pimpinan kelompok Mujahidin Indonesia Timur (MIT) dan Abu Roban (MIB) yang membawahi Anton alias Septi yang tertangkap di Banyumas. Tertangkapnya Anton ini mengarah kepada penggerebegan kelompok teroris Ciputat yang berujung pada tewasnya enam teroris.
Itulah gambaran jaringan teroris di Indonesia dengan contoh kasus terungkapnya jaringan teroris anggota MIB pimpinan Abu Roban, yang beridiologi dasar JI dan Al Qaeda, yang tewas di Ciputat. Peta terorisme di Indonesia terang benderang. Kapan dan bagaimana Densus 88 akan bergerak hanya soal pilihan karena para anggota dan afiliasi serta jaringannya ya itu-itu saja. Dimulai dari alumni jihad Afghanistan lalu perekrutan anggota baru belakangan melalui kelompok-kelompok yang telah terpetakan.