Perang Sabah saat ini menambah catatan buruk hubungan Indonesia-Malaysia terkait kekerasan terhadap penduduk Sabah keturunan Indonesia dan Bangsamoro. Sikap keras dan pembunuhan terhadap warga desa di Sabah belum bisa diintervensi oleh pemerintah Indonesia saat ini. Namun warga Indonesia mencatatnya dan akan semakin meningkatkan stigma buruk Malaysia di Indonesia. Diyakini banyak pengamat bahwa perang Malaysia-Indonesia hanya masalah waktu. Posisi konflik Malaysia-Indonesia identik dengan konflik Israel-Palestina.
Kekuatan regional akan berubah ketika pemimpin Indonesia memiliki kekuatan dan komitmen kebangsaan dan nasionalisme yang tinggi. Pemerintahan yang lemah selama lima belas tahun terakhir ini telah menyebabkan Indonesia kehilangan wilayah Sipadan-Ligitan dan 30 mil laut wilayah perairan di sepadan lepas pantai kedua pulau tersebut yang dikenal sebagai perairan Laut Ambalat.
Kerajaan Malaysia selama ini melihat Indonesia sebelah mata. Hal ini disebabkan oleh kekuatan Malaysia yang beraliansi dengan Britania Raya, Great Britain, Inggris dan Australia sebagai sesembahan Malaysia yang melindungi Malaysia. Hal itu dianggap memberikan kekuatan kepada Malaysia.
Kerajaan Malaysia saat ini yang berpemerintahan seperti Rezim Soeharto dengan konsep informasi berkaca mata kuda membungkam demokrasi dan rakyatnya ada di bawah tekanan rezim Kuala Lumpur. Gap dan kesenjangan pembangunan di Sabah dan Sarawak dengan Semenanjung Malaya semakin curam. Proyek-proyek pembangunan dan pertumbuhan senantiasa dibangun di wilayah Semenanjung. Petaling Jaya, Putra Jaya, bahkan Menara Kembar sebagai ikon Malaysia semua dibangun di Semenanjung.
Hasil timber atau produk hutan dan minyak dari kedua kawasan Sabah dan Sarawak merupakan seperempat pendapatan Malaysia. Sabah dan Sarawak yang merupakan sumber kekayaan dianaktirikan dan dibiarkan tertinggal.
Sementara kelemahan para pemimpin di Indonesia sejak zaman reformasi rupanya sementara tidak akan mengalami titik balik. Jika pada masa sebelumnya pemerintah Indonesia tinggal diam, menjelang pilihan raya, pemilihan umum 2014 dan pilihan presiden 2014, pemimpin Indonesia saat ini tetap tidak akan menampilkan pendekatan yang lebih tegas terkait kekerasan di Sabah.
Di pihak lain jika kekerasan yang menimpa warga Sabah keturunan Indonesia tetap berlangsung di sana, maka jelas akan membangkitkan tekanan terhadap pemerintah Indonesia untuk mengambil sikap tegas terhadap Malaysia. Jika saat ini kepemimpinan cukup lemah, namun kekerasan di Sabah menambah catatan buruk sejarah hubungan Indonesia-Malaysia.
Pemerintahan lemah Indonesia dan bangsa Indonesia saat ini hanya mampu mencatat berbagai hal dalam keterkaitan keburukan dan kejahatan Malaysia terhadap Indonesia. Rakyat Indonesia memandang Malaysia sebagai musuh akibat perbuatan pemerintah Malaysia yang selalu melecehkan dan buruk terhadap Indonesia. Inilah pandangan rakyat Indonesia terhadap Malaysia. Ada paling kurang lima sebab terpicunya perang Indonesia-Malaysia di masa depan.
Pertama, Malaysia dianggap sewenang-wenang dan tidak berterima kasih terhadap saudara tua Indonesia karena pada tahun 1970-an dibantu pendidikan dengan dikirimnya guru dan dosen terbaik untuk mengajar di Malaysia dan Indonesia menerima banyak mahasiswa belajar di berbagai universitas di Indonesia.
Kedua, pemerintah Malaysia memerlakukan para tenaga kerja Indonesia baik sebagai buruh kasar maupun pekerja domestik atau pembantu rumah tangga dengan merendahkan martabat mereka. Pemerintah Malaysia terbukti menolak MoU untuk perlindungan tenaga kerja di Malaysia dengan pongahnya. Hal ini disebabkan oleh mafia polisi kerajaan Malaysia yang terlibat rasuah atau korupsi dengan memeras para pekerja asing termasuk tenaga kerja illegal asal Indonesia.
Ketiga, klaim Malaysia atas budaya Indonesia seperti Reog, Tari Pendet, Batik, Rendang, Gong, Tari Serimpi, Tari Saman, Masakan Padang, bahasa Melayu, Candi Borobudur, Rasa Sayange, monyet, orangutan, telah menyebabkan ketidaksukaan warga Indonesia terhadap Malaysia.